(一)單位犯罪的兩罰制

刑法對單位犯罪在絕大部分情況下采取兩罰制。在兩罰制中，對單位是判處罰金，判處罰金采取無限額罰金制，即對罰金的數額未作規定。

在兩罰制中，對直接負責的主管人員和直接責任人員是判處刑罰，這里的刑罰包括自由刑與罰金，主要是自由刑。對個人判處自由刑的，又有以下兩種情況：

(1)在絕大多數情況下，判處與個人犯罪相同刑罰。例如刑法第220條規定：“單位犯本節第二百一十三條至第二百一十九條規定之罪(侵犯知識產權罪——引者注)的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照本節各該條的規定處罰?！边@里所謂依照本節各該條的規定處罰，就是指依照對個人犯罪的規定處罰。

(2)在少數情況下，判處低于個人犯罪的刑罰。例如個人犯受賄罪的，最重可以判處死刑，但根據刑法第387條規定：“國家機關、國有公司、企業、事業單位、人民團體，索取、非法收受他人財物，為他人謀取利益，情節嚴重的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，處五年以下有期徒刑或者拘役。”由此可見，在單位犯受賄罪的情況下，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員判處的刑罰遠輕于個人犯受賄罪的情況。

(二)單位犯罪的單罰制

刑法在某些情況下規定了單位犯罪的單罰制，即只處罰自然人而不處罰單位。例如刑法第396條規定：“國家機關、國有公司、企業、事業單位、人民團體，違反國家規定，以單位名義將國有資產集體私分給個人，數額較大的，對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，處三年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處罰金;數額巨大的，處三年以上七年以下有期徒刑，并處罰金。”這里刑法規定的犯罪主體是國家機關、國有公司、企業、事業單位、人民團體，但只處罰直接負責的主管人員和其他直接責任人員，而不處罰單位。

(三)單位犯罪的處罰適用

我國刑法關于單位犯罪的規定，在多數情況下，直接負責的主管人員和其他直接責任人員都要追究刑事責任。在少數情況下，只追究直接責任人員的刑事責任。那么，如何認定單位中的直接負責的主管人員和其他直接責任人員呢對此，2001年1月21日《全國法院審理金融犯罪案件工作座談會紀要》明確規定：“直接負責的主管人員，是在單位實施的犯罪中起決定、批準、受意、縱容、指揮等作用的人員，一般是單位的主管負責人，包括法定代表人。其他直接責任人員，是在單位犯罪中具體實施犯罪并起較大作用的人員，既可以是單位的經營管理人員，也可以是單位的職工，包括聘任、雇傭的人員。應當注意的是，在單位犯罪中，對于受單位領導指派或奉命而參與實施了一定犯罪行為的人員，一般不宜作為直接責任人員追究刑事責任。”這一規定，對于司法機關在審理單位犯罪案件中正確地認定直接負責的主管人員和其他直接責任人員具有重要指導意義。

在對單位犯罪的處罰中，還存在一個直接負責的主管人員和其他直接責任人員是否區分主犯、從犯的問題。在一個單位犯罪案件中，如果同時存在直接負責的主管人員和其他直接責任人員的，在一般情況下前者比后者的作用大，前者可以認定為主犯，后者可以認定為從犯。但直接負責的主管人員和其他直接責任人員不是當然的主犯與從犯關系。有時不同職責的人對單位犯罪負有不同的責任，如果一定要區分主犯與從犯，則顯得十分勉強。對這種情況，2000年9月28日最高人民法院《關于審理單位犯罪案件對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員是否區分主犯、從犯問題的批復》規定：“在審理單位故意犯罪案件時，對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，可不區分主犯、從犯，按照其在單位犯罪中所起的作用判處刑罰。”根據這一規定，對于主從關系不明顯的，可以不予區分。當然，如果主從關系明顯的，仍應區分。