一、職能調整
　　國家煤炭工業局必須貫徹政企分開、權力下放、權責一致的原則，在職能配置方面進行以下調整：
　　（一）政企分開，不直接管理行業。原煤炭部所屬的國有重點煤炭下放給地方；不承擔投資項目的立項、審查、審批職能，不下達煤炭生產計劃和盈虧指標；不承擔審批公司等職能。企業真正成為依法自主經營、自負盈虧、照章納稅的市場主體，負責國有資產的保值增值，維護所有者權益。
　　（二）權力下放，增強地方人民政府和社會中介組織的功能。國有重點煤礦的減員增效、轉產分流、實施再就業工程的具體工作，行業的市場建設與管理、資質審查、產品質量檢測、科技成果鑒定、人才培訓等職能，交給地方人民政府或社會中介組織承擔。
　　（三）權責一致，相近職能交由同一部門承擔。將有關產業政策、經濟調節、生產運行、投融資引導、技術進步、安全生產等職能，交給國家經濟貿易委員會；將直屬高等院校交由教育部統籌安排；系統養老保險統籌的職能，由勞動和社會保障部統一組織交給省、自治區、直轄市人民政府承擔；質量監督職能交給國家質量技術監督局。
　　國家煤炭工業局負責擬定行業規劃；組織研究行業法規和規章、制度、標準，實施行業管理；推動行業結構調整，指導企事業單位的改革。

　二、主要職責
　　根據以上職能調整，國家煤炭工業局的主要職責是：
　　（一）研究擬定煤炭工業的發展戰略、行業規劃，提出煤炭資源合理開發利用的建議，促進行業結構調整，引導行業合理布局。
　　（二）研究提出發展煤炭工業的方針、政策和法規；組織制訂行業規章、規范和技術標準；協調行業內部關系，維護公平競爭秩序；研究提出煤炭產運需銜接和有關政策的建議。
　　（三）研究制訂煤炭工業體制改革的政策和措施，指導國有煤炭企業改革、改組，建立現代企業制度，推動國有煤炭企業兼并破產、扭虧增盈、轉產分流，實施再就業工程。
　　（四）組織實施國有重點煤礦下放工作。
　　（五）依法整頓煤炭生產和經營秩序，關停違法開辦和經營的各類煤礦。
　　（六）推動直屬事業單位的改革，使其面向社會、進入市場、減少補貼、減員增效。
　　（七）掌握和分析煤炭工業生產動態，匯集、分析和發布國內外煤炭經濟技術和市場信息，提供信息咨詢服務。
　　（八）組織政府間煤炭工業經濟技術合作與交流。
　　（九）承辦國務院和國家經濟貿易委員會交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述主要職責，國家煤炭工業局設５個職能司（室）：
　　（一）辦公室（外事司）
　　辦理機關文秘、檔案、保密、行政事務等工作；組織政府間煤炭工業經濟技術合作與交流。
　　（二）規劃發展司
　　研究擬定煤炭工業發展戰略、行業規劃；指導大型礦區總體規劃，引導行業合理布局；推進煤炭行業結構調整，優化產業結構和產品結構，促進煤炭資源合理開發和綜合利用；提出煤炭產運需銜接和有關政策的建議。
　　（三）行業管理司（地方鄉鎮煤礦整頓辦公室）
　　研究提出發展煤炭工業的方針、政策和法規，組織制訂煤炭工業生產建設技術規程、規范和標準；匯集、分析和發布國內外煤炭經濟技術和市場信息，提供信息咨詢服務；協調煤炭行業內部關系，維護公平競爭秩序；組織推動整頓地方鄉鎮煤礦，關停違法開辦和經營的各類煤礦。
　　（四）企事業改革司（企業下放辦公室）
　　研究提出煤炭工業體制改革的政策措施，推進國有煤炭企業改革和結構調整，建立現代企業制度；推動國有煤炭企業兼并破產、扭虧增盈、轉產分流，實施再就業工程；組織國有重點煤礦下放工作，處理企業移交工作中的人事、財務、資產、債權債務等事項。推進直屬事業單位的改革，使其在３年內面向社會、進入市場、減少補貼、減員增效。
　　（五）人事司
　　負責局機關及直屬事業單位的人事管理；規劃、組織煤礦艱苦專業人才的培養；承辦機關黨委的日常工作。
　　機關黨委。負責局機關和在京直屬單位的黨群工作，辦事機構設在人事司。

　四、人員編制
　　國家煤炭工業局機關行政編制為９５名。其中：局長１名，副局長２－３名，正副司長職數２０名（含機關黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機構、后勤服務機構及編制，按有關規定另行核定。