一、職能調整
　　（一）鐵道部實行政企分開，根據行業特點和當前實際，通過改革界定政府管理職能、社會管理職能、企業管理職能并逐步分離。
　　鐵道部負責擬定鐵路行業規劃、政策和法規，管理鐵路建設、運輸工作、運輸價格和運輸安全，承擔國家鐵路綜合管理和暫時保留的社會事務管理職能；相應下放生產經營權責；減少和弱化計劃、項目的直接管理。鐵路局、工程局、工廠作為企業法人實體和市場競爭主體，自主經營、獨立核算、自負盈虧。
　　（二）運輸、機務、車輛、工務、電務等企業生產管理職能，從鐵道部機關劃出。
　　（三）國家鐵路建設項目立項方案評估、設計審查和建設管理具體業務工作，從鐵道部機關劃出。
　　（四）將鐵路普通基礎教育、職工生活供應、計劃生育和療養指導、技術發明、專利工作、部分科技成果鑒定等事務性管理職能，交給地方人民政府或下放給企事業單位。
　　（五）機車車輛工業、工程、建筑、物資、通信信號等總公司與鐵路運輸主體分離，按照建立現代企業制度的要求，重組企業結構，發展企業集團，參與市場競爭。

　二、主要職責
　　根據以上職能調整，鐵道部的主要職責是：
　　（一）擬定鐵路行業發展戰略、方針、政策和法規；制定國家鐵路統一的規章制度并監督執行。
　　（二）擬定鐵路行業的發展規劃，編制國家鐵路各項年度計劃并組織指導實施；組織編制合資鐵路、地方鐵路建設有關計劃。負責鐵路行業統計、信息工作。
　　（三）負責鐵路建設的行業管理。組織管理大中型鐵路建設項目的有關工作。
　　（四）擬定鐵路行業技術政策、標準和管理法規。負責鐵路技術監督，組織重大新技術、新產品的研究和成果鑒定；組織引進國外先進技術。
　　（五）貫徹國家經濟體制改革的方針，提出國家鐵路管理體制改革方案，推動和指導國家鐵路企業深化改革。
　　（六）負責國家鐵路財務工作。安排使用全路建設基金和資金；研究提出國家鐵路運價意見，經批準后制定具體實施方案并監督執行；協調鐵路工業產品價格；管理國家鐵路事業經費。
　　（七）培育和規范鐵路運輸市場，統一管理全國鐵路調度指揮工作；負責國家鐵路運輸的宏觀管理。監督、檢查國家鐵路安全生產和路風建設；組織管理國家鐵路戰備工作。
　　（八）負責國家鐵路人事、高等和中等技術及職工教育、機構編制、勞動工資、環保、節能、衛生防疫方面的管理工作。
　　（九）管理國家鐵路外事和對外經濟合作交流工作。
　　（十）管理鐵路治安保衛工作。
　　（十一）負責鐵路專運、特運工作。
　　（十二）負責國家鐵路系統黨的建設和思想政治工作，管理職工隊伍建設。
　　（十三）承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，鐵道部設１２個職能司（局、廳）：
　　（一）辦公廳
　　綜合協調部機關工作。組織起草重要文件、報告；負責文秘、信息、保密、信訪、值班、新聞發布、機關行政事務管理工作；歸口管理檔案工作。
　　（二）政策法規司
　　組織擬定鐵路綜合性的經濟政策和鐵路行業法規；研究并組織指導鐵路經濟體制改革工作；依法辦理行政復議工作。
　　（三）發展計劃司
　　編制鐵路中長期規劃和年度建設計劃；辦理大中型建設項目審定的有關工作；組織編制合資鐵路、地方鐵路建設計劃的有關工作；管理國家鐵路戰備、節能、環保工作；歸口管理利用外資工作。
　　（四）財務司
　　組織財會監督，維護國家投入鐵路資本的權益；擬定國家鐵路運輸收入清算規章；負責鐵路建設基金、資金和鐵路價格的管理工作；管理國家鐵路事業經費。
　　（五）科技教育司
　　編制鐵路科技、教育發展規劃和計劃。擬定技術政策、標準和管理規章；負責鐵路技術監督工作；組織重大科研項目攻關、科技合作交流、技術引進工作；管理部屬高等院校，指導國家鐵路職業教育工作。
　　（六）人事司
　　管理部屬單位領導干部和部機關國家公務員；負責國家鐵路人事工作；向合資鐵路推薦代表國家鐵路的經營者人選。
　　（七）勞動和衛生司
　　負責國家鐵路勞動工資宏觀調控，編制工資總額計劃；綜合管理勞動工資、機構編制和衛生防疫工作；指導國家鐵路的再就業工作。
　　（八）建設管理司
　　擬定鐵路工程建設的標準、規范、規章；管理鐵路工程建設項目設計鑒定；管理鐵路建設、設計、施工和監理單位的資質審查；協調、監督大中型鐵路項目建設并組織竣工驗收。
　　（九）國際合作司
　　負責鐵路外事工作，管理國家鐵路對外經濟合作交流工作。
　　（十）安全監察司
　　擬定鐵路行車安全法規、制度并進行監督檢查；管理勞動安全、鍋爐壓力容器安全和勞動保護工作；參與和組織重大事故的調查處理。
　　（十一）運輸局
　　擬定鐵路運輸政策、法規和規章；培育和規范鐵路運輸市場；統一管理全國鐵路運輸調度指揮工作；負責國家鐵路運輸的宏觀管理。
　　（十二）公安局
　　管理鐵路治安保衛工作；組織管理專運、特運的安全警衛；指導鐵路治安綜合治理。公安局由鐵道部、公安部雙重領導，業務工作以公安部為主。
　　機關黨委。負責部機關及在京直屬單位的黨群工作。

　四、人員編制
　　鐵道部機關行政編制為４００名。其中，部長１名，副部長４名；政治部主任１名（副部級），紀律檢查委員會書記１名（副部級）；司局級領導職數４７名（含總工程師１名、總經濟師１名、總調度長１名以及機關黨委專職副書記和政治工作機構領導）。
　　離退休干部工作機構、后勤服務機構及編制，按有關規定另行核定。

　五、其他事項
　　（一）關于國家鐵路全路性運輸的組織管理。
　　為平穩推進改革，保證鐵路運輸安全暢通必需的完整性和統一性，實現國家對鐵道運輸的有效調控，國家鐵路全路性運輸的組織和調度指揮仍然實行集中統一管理，具體工作由鐵道部運輸調度指揮中心承擔（與鐵道部運輸局為一個機構、兩塊牌子）。鐵道部運輸調度指揮中心使用事業編制，經費由國家鐵路運營管理費列支。
　　（二）關于國家鐵路建設管理
　　國家鐵路建設以中央人民政府投資為主，由鐵道部負責管理，以保證國家鐵路建設規劃的落實。組建鐵路工程建設咨詢機構和重點建設項目管理機構，分別承擔方案評估、設計審查和建設管理方面的具體業務工作。
　　（三）關于鐵道部政治工作機構的設置。
　　鐵道部政治部。負責國家鐵路系統思想政治工作和職工隊伍建設，下設辦公室、組織部、宣傳部（其中辦公室與部辦公廳、組織部與部人事司分別為一個機構兩塊牌子）。
　　鐵道部紀律檢查委員會。負責國家鐵路系統紀律檢查工作。
　　全國鐵道團委。負責國家鐵路共青團的工作。
　　（四）關于投資管理職能。
　　待國家投融資體制改革方案確定后，再作相應調整。