實踐中，由于畏訴和對訴訟經(jīng)濟(jì)的考慮，患者及其家屬在發(fā)生醫(yī)療糾紛后，往往先向衛(wèi)生主管部門(我國目前醫(yī)療鑒定委員會設(shè)在其中的醫(yī)政部門)投訴，要求調(diào)查和鑒定。經(jīng)調(diào)查和鑒定后，根據(jù)醫(yī)療糾紛的性質(zhì)及經(jīng)濟(jì)賠償數(shù)額的大小，衛(wèi)生行政部門可對醫(yī)患雙方的糾紛主持調(diào)解，如果調(diào)解失敗，再轉(zhuǎn)由司法機(jī)構(gòu)依法處理。同時可依照《國務(wù)院醫(yī)療機(jī)構(gòu)管理條例》和《執(zhí)業(yè)醫(yī)師法》給予醫(yī)療單位和直接責(zé)任人以相應(yīng)的行政處罰和行政處分，它主要有：

1，財產(chǎn)罰。基于違法或違章行醫(yī)而致的醫(yī)療糾紛，可給予醫(yī)療單位一定數(shù)額的罰款，或沒收財產(chǎn)(如未達(dá)法定標(biāo)準(zhǔn)的、能嚴(yán)重影響病人安全和健康的醫(yī)療器械，各種假藥劣藥等)。

2，行為罰。符合《執(zhí)業(yè)醫(yī)師法》第37條規(guī)定，情節(jié)較重的，或由于醫(yī)院嚴(yán)重管理混亂而致的醫(yī)療糾紛，衛(wèi)生行政機(jī)關(guān)可暫扣或吊銷直接責(zé)任人的《醫(yī)師職業(yè)證書》或《護(hù)士職業(yè)證書》，暫扣或吊銷責(zé)任醫(yī)療單位的行醫(yī)許可證。

3，申戒罰。基于醫(yī)療單位管理不善而致的醫(yī)療糾紛，可給予警告、通報批評或限期改正等措施。對于醫(yī)師責(zé)任符合《執(zhí)業(yè)醫(yī)師法》第37條規(guī)定，情節(jié)較輕的，可給予警告或責(zé)令暫停執(zhí)業(yè)活動。

4，行政處分。直接責(zé)任人或直接負(fù)責(zé)的主管人員在醫(yī)療糾紛中負(fù)有責(zé)任的，可依責(zé)任大小比照國家公務(wù)員暫行條例，給予警告、記過、記大過、降級、撤職、開除等行政處分。《醫(yī)療事故處理辦法》第20條規(guī)定：對造成醫(yī)療責(zé)任事故的直接責(zé)任人員，醫(yī)療單位應(yīng)當(dāng)根據(jù)其事故等級、情節(jié)輕重、本人態(tài)度和一貫表現(xiàn)，分別給予以下行政處分：

一級醫(yī)效事故：記大過、降級、降職、撤職、開除留用察看、開除;

二級醫(yī)效事故：記過、記大過、降級、降職、撤職;

三級醫(yī)效事故：警告、記過、記大過、降級、降職。

《醫(yī)療事故處理辦法》第21條規(guī)定：對造成醫(yī)療技術(shù)事故的直接責(zé)任人員，醫(yī)療單位應(yīng)責(zé)令其作出書面檢查，吸取教訓(xùn)，一般可免予行政處分;對情節(jié)嚴(yán)重的，也應(yīng)當(dāng)依照本辦法第20條的規(guī)定，酌情給予行政處分。但行政機(jī)關(guān)是憑借何種權(quán)利而對有獨立法人地位的事業(yè)單位人員進(jìn)行處分的，這有待商榷。

個體開業(yè)的醫(yī)務(wù)人員所造成的醫(yī)療事故，由當(dāng)?shù)匦l(wèi)生行政部門根據(jù)事故等級、情節(jié)、本人態(tài)度，除責(zé)令其病員或家屬一次性經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償外，還可以處一年以內(nèi)的停業(yè)或者吊銷其開業(yè)執(zhí)照。不可否認(rèn)，我國目前醫(yī)療單位承擔(dān)行政責(zé)任的案例不多，且主要是針對個體行醫(yī)，這與醫(yī)療單位管理水平不高，醫(yī)療糾紛頻繁發(fā)生有著必然的聯(lián)系。

在醫(yī)療事故處理中，常有少數(shù)患者或其家屬借口醫(yī)療事故提出過高的賠償要求，無理要挾醫(yī)療單位的情況。《醫(yī)療事故處理辦法》第19條作出明確規(guī)定：因醫(yī)療事故致殘的病員不需要繼續(xù)住院治療，產(chǎn)婦死后留有活嬰的，由其家屬接受出院;無家屬的，由其所在單位接受出院。病員在醫(yī)療單位死亡后，尸體應(yīng)立即移放太平間。死者尸體存放時間一般不得超過一周，逾期不處理的尸體，經(jīng)當(dāng)?shù)匦l(wèi)生行政部門批準(zhǔn)，并報公安部門備案后，由醫(yī)療單位處理;火化后的骨灰應(yīng)通知家屬領(lǐng)回。

無論是刑事、民事、行政責(zé)任，經(jīng)濟(jì)賠償是必然的，而且必須由醫(yī)療單位承擔(dān)。但是，我國醫(yī)院大部分屬于事業(yè)單位，基本上靠國家財政撥款，收費低廉，基本無營利，根本沒有專門用于醫(yī)療事故的賠償款項。如果再拿出款項支付經(jīng)濟(jì)賠償費，勢必影響醫(yī)院的設(shè)備更新、智力投資以及正常工作的開展。這是一個亟待解決的問題。有人建議采取建立醫(yī)療事故賠償責(zé)任保險制度以解決賠償費用的的來源問題。具體辦法是，由國家衛(wèi)生部門與保險公司簽訂醫(yī)療事故保險合同，或?qū)ｉT設(shè)立一個醫(yī)療事故賠償委員會，其賠償經(jīng)費有三個方面的來源：一是各企業(yè)單位按其資產(chǎn)總額交納一定比例的費用;二是衛(wèi)生部門按照職工工資總額交納的一定比例的費用(不宜過大);三是從國家稅收中給予一定的補(bǔ)貼。