實踐中，由于畏訴和對訴訟經濟的考慮，患者及其家屬在發生醫療糾紛后，往往先向衛生主管部門(我國目前醫療鑒定委員會設在其中的醫政部門)投訴，要求調查和鑒定。經調查和鑒定后，根據醫療糾紛的性質及經濟賠償數額的大小，衛生行政部門可對醫患雙方的糾紛主持調解，如果調解失敗，再轉由司法機構依法處理。同時可依照《國務院醫療機構管理條例》和《執業醫師法》給予醫療單位和直接責任人以相應的行政處罰和行政處分，它主要有：

1，財產罰。基于違法或違章行醫而致的醫療糾紛，可給予醫療單位一定數額的罰款，或沒收財產(如未達法定標準的、能嚴重影響病人安全和健康的醫療器械，各種假藥劣藥等)。

2，行為罰。符合《執業醫師法》第37條規定，情節較重的，或由于醫院嚴重管理混亂而致的醫療糾紛，衛生行政機關可暫扣或吊銷直接責任人的《醫師職業證書》或《護士職業證書》，暫扣或吊銷責任醫療單位的行醫許可證。

3，申戒罰。基于醫療單位管理不善而致的醫療糾紛，可給予警告、通報批評或限期改正等措施。對于醫師責任符合《執業醫師法》第37條規定，情節較輕的，可給予警告或責令暫停執業活動。

4，行政處分。直接責任人或直接負責的主管人員在醫療糾紛中負有責任的，可依責任大小比照國家公務員暫行條例，給予警告、記過、記大過、降級、撤職、開除等行政處分。《醫療事故處理辦法》第20條規定：對造成醫療責任事故的直接責任人員，醫療單位應當根據其事故等級、情節輕重、本人態度和一貫表現，分別給予以下行政處分：

一級醫效事故：記大過、降級、降職、撤職、開除留用察看、開除;

二級醫效事故：記過、記大過、降級、降職、撤職;

三級醫效事故：警告、記過、記大過、降級、降職。

《醫療事故處理辦法》第21條規定：對造成醫療技術事故的直接責任人員，醫療單位應責令其作出書面檢查，吸取教訓，一般可免予行政處分;對情節嚴重的，也應當依照本辦法第20條的規定，酌情給予行政處分。但行政機關是憑借何種權利而對有獨立法人地位的事業單位人員進行處分的，這有待商榷。

個體開業的醫務人員所造成的醫療事故，由當地衛生行政部門根據事故等級、情節、本人態度，除責令其病員或家屬一次性經濟補償外，還可以處一年以內的停業或者吊銷其開業執照。不可否認，我國目前醫療單位承擔行政責任的案例不多，且主要是針對個體行醫，這與醫療單位管理水平不高，醫療糾紛頻繁發生有著必然的聯系。

在醫療事故處理中，常有少數患者或其家屬借口醫療事故提出過高的賠償要求，無理要挾醫療單位的情況。《醫療事故處理辦法》第19條作出明確規定：因醫療事故致殘的病員不需要繼續住院治療，產婦死后留有活嬰的，由其家屬接受出院;無家屬的，由其所在單位接受出院。病員在醫療單位死亡后，尸體應立即移放太平間。死者尸體存放時間一般不得超過一周，逾期不處理的尸體，經當地衛生行政部門批準，并報公安部門備案后，由醫療單位處理;火化后的骨灰應通知家屬領回。

無論是刑事、民事、行政責任，經濟賠償是必然的，而且必須由醫療單位承擔。但是，我國醫院大部分屬于事業單位，基本上靠國家財政撥款，收費低廉，基本無營利，根本沒有專門用于醫療事故的賠償款項。如果再拿出款項支付經濟賠償費，勢必影響醫院的設備更新、智力投資以及正常工作的開展。這是一個亟待解決的問題。有人建議采取建立醫療事故賠償責任保險制度以解決賠償費用的的來源問題。具體辦法是，由國家衛生部門與保險公司簽訂醫療事故保險合同，或專門設立一個醫療事故賠償委員會，其賠償經費有三個方面的來源：一是各企業單位按其資產總額交納一定比例的費用;二是衛生部門按照職工工資總額交納的一定比例的費用(不宜過大);三是從國家稅收中給予一定的補貼。