法院作退案(不予受理)處理的理由是：職務侵占案應當由公安機關偵查管轄，現在檢察院卻予以立案偵查，由于偵查主體不合法，導致本案取得的所有證據無效。

眾所周知，職能管轄沖突的情形主要有以下六類：

一是本來應該由公安機關管轄的案件而由檢察機關偵查終結并移送起訴，如職務侵占案、商業受賄案;二是本來應該由檢察機關偵查管轄的案件而由公安機關偵查終結并移送起訴，如貪污案、受賄案;三是本來應該由法院直接受理的自訴案件而由公安機關偵查終結并移送起訴，如侵占案、侮辱、誹謗案;四是本來應該由公安機關等部門偵查的案件由原告人向法院自訴;五是本來應該由國家安全機關、海關、軍隊保衛部門、監獄等偵查管轄的案件而由公安機關或檢察院偵查終結并移送起訴，如為境外非法提供國家秘密案;六是本來應該由檢察院或公安機關職能管轄而由國家安全機關、海關、軍隊保衛部門、監獄等偵查終結并移送起訴的案件，如非法獲取國家秘密案。司法實踐中最常見的是第一種情形。也恰恰是第一種情形中，法院往往對其認為需要改變職能管轄而將之提起公訴的案件作退案處理。這已經在一定程度上影響到了司法的公正與效率。

二、對問題的剖析我們認為，在偵查的初期，如果發現管轄不對，各偵查機關應當及時變更管轄。但在偵查機關將案件偵查終結并移送審查起訴后，起訴部門經審查(形式審查和實體審查)，由其基于公訴權而確定的向法院提起公訴，法院未經開庭審理是無權指令檢察院變更管轄并對提起公訴的案件作退案處理。因為法院的這種處理方法其所依據的理由缺乏充分根據，無論在理論上還是在實踐中都會導致一系列的問題。

剖析之一：法院的這一做法與刑訴法關于職能管轄的精神不相符合我國刑事訴訟中的職能管轄是公、檢、法三機關立案受理刑事案件的分工制度。這種管轄分工是司法機關的內部分工和司法資源的內部分配，它著眼于從技術層面上進行劃分，這有別于司法權的劃分，更不能將這種分配等同絕對的司法權劃分。

1、職能管轄是刑訴法分工負責、互相配合、互相制約原則的具體運用，三者是有機的統一，而不能片面強調哪一方面。刑訴法職能管轄的規定可以防止司法機關對刑事案件互相爭奪或者相互推諉，因為司法機關只有依照法律規定的管轄分工，才能更好地完成刑事訴訟的任務。但是，如果過分強調各自職責的分明，反而會使刑事案件得不到及時有效的處理，這就會與刑訴法關于職能管轄的立法精神相違背。因為在司法實踐中，“性質不明、難以歸口”的案件數量不少，而且司法人員在將法律規定運用來處理待處理案件時，將不可避免帶有主觀色彩來解釋法律規定(如主體對法律條文理解不同，對案件定性也就會不同)以運用來解決當前案件。這些都決定了不可能絕對分明地按照職能管轄的規定來處理案件。因此，過分地強調各負其責，將使案件得不到有效地處理，不能及時有效地懲罰犯罪，確保公民的合法權利不受侵犯，從而背離職能管轄的精神。實際上，職能管轄不僅體現分工負責，而且也體現互相配合和互相制約。因此，公、檢、法三機關在按照職能管轄的規定進行刑事訴訟時，在分工負責的基礎上，還得相互支持，通力合作，使案件得到及時處理，共同完成查明案件事實，揭露、證實和懲罰犯罪的任務。

2、在實踐中，職能管轄存在交叉管轄的情況。六部委《規定》第6條規定，公安機關偵查刑事案件涉及人民檢察院管轄的貪污賄賂案件時，應當將貪污賄賂案件移送人民檢察院;人民檢察院偵查貪污賄賂案件涉及公安機關管轄的刑事案件，應當將屬于公安機關管轄的刑事案件移送公安機關。在上述情況下，如果涉嫌主罪屬于公安機關管轄，由公安機關為主進行偵查，人民檢察院予以配合;如果涉嫌主罪屬于人民檢察院管轄，由人民檢察院為主進行偵查，公安機關予以配合。主罪與次罪的劃分，應當以犯罪嫌疑人涉嫌的犯罪可能判處的刑罰輕重為標準。

3、立法本身存在的模糊性也使職能管轄不可能做到界限絕對分明。刑訴法第18條規定，對于國家機關工作人員利用職權實施的其他重大犯罪案件，需要由人民檢察院直接受理的時候，經省級以上人民檢察院決定，可以由人民檢察院立案偵查。這些案件有那些，法律沒有作出具體規定，也沒有司法解釋。這類案件只能根據司法實踐經驗來確定，這主要包括：(1)國家機關工作人員利用職權實施的其他應當判處3年以上的，而立案偵查管轄權限不明確的刑事犯罪案件;(2)國家機關工作人員利用職權實施的其他應當判處3年以上有期徒刑的犯罪案件，檢察機關通知公安等偵查機關立案偵查，公安等偵查機關仍不立案偵查的刑事犯罪案件;(3)國家機關工作人員利用職權實施的法律新規定的重大犯罪，而司法機關又無明確管轄分工的刑事犯罪案件。對這些案件，經基層人民檢察院層報省級以上人民檢察院批準可由人民檢察院直接立案偵查[1]。

4、從檢察機關在刑事訴訟活動中的性質、地位來看，職能管轄也只具有相對的意義。在刑事訴訟活動中，檢察機關除負責部分刑事案件的偵查外，還代表國家行使法律監督權。這使檢察機關在刑事訴訟活動中，可以及時發現刑事司法機關不嚴格執法的情況，以確保國家刑事法律的統一和正確實施。而這一監督權在職能管轄上的表現就在于，對檢察院認為應當由公安機關管轄的案件，檢察機關通知立案，公安機關拒不立案，為避免案件時過境遷，檢察機關可以直接立案。這樣，既能解決特殊情況下公安機關拒不立案的問題，又能為對追究公安機關及其他人員拒不履行職責的責任提供事實依據。如果片面強調管轄的明確(有時根本做不到)，不僅會造成對犯罪打擊不力的問題，而且也會取消憲法賦予檢察機關的法律監督權。