1、工程量之爭。土建工程的工程量之爭主要集中在合同生效后增加的工程量及對隱蔽工程的詳細數據未做三方(發(fā)包方、承包方與監(jiān)理公司)簽字的記錄，僅憑承包方施工日記進行結算，發(fā)包方提出異議。安裝工程的工程量之爭，主要集中在隱蔽在墻體中的管線鋪設記錄與確認問題。

2、計費系數之爭。該爭議主要是由于承包方資質變更或者施工隊屬于掛靠單位或者承包方由不同資質的單位合作組成，資質之爭表現在結算領域就是計費系數之爭。

3、大型機械租賃費用的計費之爭。許多建設工程需要承包方對外租賃大型機械設備，例如臺搬等。按照建筑行業(yè)慣例，這些大型機械的租金應該在工程款外另行計費，特別是為了趕工期時，更是如此。承包人租賃時一般有說明，發(fā)包方為趕工期也不否認，但進行工程結算時發(fā)包方總覺得在合同款外另行支付設備租金不合算，認為承包方使用的機械應該由承包方自行負責，總找理由拒付。

4、竣工決算時間之爭。建設工程承包合同簽署之前承包方會提交一份預算報告，工程竣工后再由承包方提出決算報告，然后報經發(fā)包方審核，達成一致后由發(fā)包方支付。承包方提交決算報告的前提是工程“竣工”。“竣工”這一概念在建設工程領域本來是一個無爭議的技術概念，即合同項下的工程量已完成。

5、違約之爭。無論承包方的逾期竣工，還是發(fā)包方未能提供施工進場的條件(如施工現場未能通水、通電、通路等)、中期擅改設計、未按形象進度支付進度款、建設工程材料不能及時供應從而造成停工、窩工等情形，最終都以違約金的形式反饋到工程款的結算中。違約之爭在建設工程結算糾紛中比較常見。

6、建筑材料品質之爭。建設工程招投標時對工程主要建筑材料品質有所要求或承諾，但由于建筑材料市場供求關系的影響，有時使得承包方轉而采用合同外的其他建材，因此引起結算糾紛是不可避免的。

7、總包與分包之爭。由于現代社會的分工越來越細，實際上一個大型建設工程難以由單一的總承包商完成，而且有些勞務作業(yè)需要大量的人力，也無法由總承包公司獨立完成。因此，總承包單位承攬建設項目后經建設單位同意，一般都會將其中的專業(yè)工程和勞務作業(yè)分包相應的分包單位。如果發(fā)包方就全額工程款結算完畢，則發(fā)生結算爭議的可能性較小，如果發(fā)包方只進行部分結算，則很容易釀成總承包單位與分包單位的爭議。

8、5%尾款之爭。建設工程竣工移交后，承包人按照合同要求應在一年內進行保修。為了保證承包方履行保修義務，發(fā)包方一般在合同中約定工程款支付95%工程款后，余下5%工程款留待一年保修期滿后再行支付。有的合同采取工程款先付，由承包方另行出具5%工程款的銀行保函加以保證。5%尾款爭議的原因在于承包人是否在保修期內適當履行了保修義務。