農村土地承包權確權涉及的土地面積大，戶數多，且農戶承包地塊分散，土地質量差異大，地形不一，空間標記存在困難，確權任務繁重。農村鄉鎮相關工作人員數量少，登記工作力不從心。同時，由于種種歷史遺留問題，造成承包地塊面積不準、“四至”不清、空間位置不明，給確權工作帶來困難。

由于各村干部及農戶人口變化大，農戶實際耕種的承包地、自留地等土地難以準確區分類別，容易造成承包地總面積增大，影響了確權面積準確性。又如承包土地時，明確規定果園地不允許承包，但有的果園地也登記在權證上。1998年農村土地“二輪延包”時，土地是按面積平均發包到人，由于在不同區域土質差異大，按照地力肥瘦折扣標準計算后，相同承包人口的家庭，土質差的承包土地面積相對較寬，土質好的承包面積相對少，使得目前確權實測后各戶人均面積不一致，導致按照實測面積據實確權難以順利推進。

農村土地承包法規定，擁有該土地的承包權以承包合同為依據，但存在一些對承包政策操作不規范，落實不到位的問題，承包臺賬、承包合同、承包權證等檔案資料記載信息不完整、不準確，直接影響土地承包確權的落實。主要表現，一是“二輪延包”時部分農戶土地承包信息登記不準確，位置不明，面積不準。二是在土地多輪流轉、公益設施建設用地占用農田，農戶間互換田地后，卻沒有及時完善相關手續，造成農戶承包證書上的地塊面積與實際面積不一致的“證地”不符。三是承包臺賬和承包合同中對土地面積等信息記載不相吻合，承包權證沒有以承包合同中的信息登記內容為依據，而是以臺賬為依據，造成登記信息不準確。

近年來，隨著國家取消農業稅、糧食補貼等一系列惠農政策的出臺以及新農村建設土地占用的增加，農村集體土地價值上升，農民對土地確權利益期望增多，在確權過程中承包土地權屬爭議和糾紛漸漸增多。尤其是“二輪延包”遺留問題使得復雜的土地承包糾紛在此次確權落實過程中顯現出來，且目前村委會和鄉鎮經營管理指導站主要承擔基層土地承包經營權糾紛調解，協調解決難度非常大，影響土地承包確權的落實。農村土地承包法規定，擁有該土地承包經營權以承包合同為依據，但實際工作中一些承包合同中土地承包關系信息不清問題引發土地糾紛相對突出。如實際土地承包經營狀況與發證情況不相吻合。又如，土地按面積平均發包到人，由于在不同區域土質差異大，按照折扣標準計算后，土質差的家庭承包土地面積相對較寬，使得目前確權實測后各戶人均面積不一致，承包面積相對少的農戶則不同意按實有面積確權，只接受按平均實測面積確權，導致據實確權難以順利推進。

由于配套機制滯后及土地承包難確權導致土地承包權有償退出難，土地經營權在抵押貸款、銀行融資等方面作用難以得到發揮。一是尚未建立專業的土地經營權評估機構。農地經營權價值是金融機構授確定信貸款額度的基礎，而目前專業的土地經營權價值評估機構和具有專業資質的評估人員匱缺。二是缺乏真正意義上的土地流轉中介機構和土地仲裁機構，在借款人出現經營風險、缺乏償還能力時，對土地經營權處置帶來一定困難，權屬登記缺乏法律效力，金融機構債權難以得到保護。

針對目前農村承包地確權過程中存在的困難，應把握關鍵環節，做細做實，穩妥推進。首先，加強宣傳引導，提高確權參與率。創新宣傳方式，著重深入農戶，圍繞廣大農戶關注的問題、利益及時進行政策解釋，消除農戶的顧慮。由各村組選派熟悉當地情況的業務人員，堅持每塊土地都要“走到、看到、量到、問到”的原則，深入調研，實事求是，在群眾監督下實地指導。重點做好發包方、承包方和承包地塊調查，以農村集體土地所有權確權登記結果為基礎，充分利用先進的測量儀器，查清農戶承包地塊的面積，制作承包地塊分布圖。將調查成果經審核公示確認，作為土地確權的現實依據，對公示內容有異議的，進行補測核實。

其次，完善檔案資料，確保權屬依據的完整性。依據農地承包臺賬、承包合同、承包經營權證書等相關權屬檔案資料進行清查整理，摸清承包地現狀及農戶家庭承包狀況信息。根據公示確認的調查結果，完善土地承包合同，將完善后的合同作為承包戶取得土地承包權的法定依據。對沒有簽訂土地承包合同的，要重新簽訂承包合同;對承包合同丟失、殘缺的，進行補簽、完善。對實際承包面積與原土地承包合同、權屬證書記載面積不一致的，要根據本集體通過的土地承包確權登記頒證方案進行確權。

再次，健全配套機制，提高抵押融資率。一是建立農地價值評估專業機構。制定農地經營權價值評估管理辦法，引入具有權威性的專業中介機構和專業人才對農地經營權抵押價值進行準確評估，合理確定農地價值，為金融機構開展農地經營權抵押貸款創造條件。二是充分履行農地流轉中心和土地仲裁委員會職能，為土地流轉提供合同、法律、競價、糾紛等服務，為農地經營權抵押貸款提供配套服務。

對于土地確權中出現的矛盾糾紛，要本著尊重歷史、注重事實、維護社會穩定的原則，積極穩妥調解處理。相關部門在處理糾紛矛盾時，要堅持嚴格依法確權，維護群眾利益，從實際出發，公平、公正地處理確權中出現的各種問題，妥善化解各種矛盾糾紛。對局部性的問題按照“一村一策”或“一事一議”的辦法，具體問題具體分析，通過實行差異化、區別性的措施，用群眾接受的辦法解決問題。