一、職能轉變
　　民航是一個發展迅速、技術密集型的國民經濟基礎行業，具有行政權力要求相對高度集中和大量技術、業務工作需要監督檢查的特點。民航總局要從行業特點出發，把切實加強行業管理作為轉變職能的重點，以“安全第一，正常飛行，優質服務”為中心，強化飛行安全管理，加強對飛行安全的綜合監督檢查和事故調查處理工作；加強民用航路建設，改進空中交通管理工作，逐漸形成集中統一的全國民航空中交通管理和服務體系；突出對民航運輸服務質量的管理監督，促進全行業服務質量的不斷提高；加強行業方針政策研究、法制建設、規劃的制訂與實施、體制改革協調、國有資產監督管理、經濟協調等行業管理職能；加強思想政治工作和精神文明建設。按照“政企分開、簡政放權”的原則，把有條件實行地區性管理和企業職責范圍內的工作下放、轉移給地區管理局或企業。

　二、主要職責
　　民航總局是國務院主管全國民航事務的職能部門，對全國民航業實施行業管理。主要職責是：
　　（一）研究制訂發展我國民航事業的方針政策和戰略；擬定民航法律、法規草案，經批準后監督執行；制定發布民航規章；制訂民航體制改革規劃和實施方案并綜合協調，組織實施。
　　（二）編制行業中長期發展規劃和年度計劃；制訂民航運輸網絡、機場配置和機隊規劃；審核企業購買和租賃飛機的申請。
　　（三）參與研究行業宏觀調控措施和經濟調節辦法；對直屬企業的經濟活動和國有資產的保值增值進行監督和評價，對直屬事業單位的國有資產進行監督管理；管理運輸航空、通用航空市場秩序。
　　（四）編制直屬單位的固定資產投資年度計劃；審批或報批限額以上的基本建設投資項目；編制全國民用機場建設規劃，制定民用機場建設標準，審批民用機場（包括軍民合用機場的民用部分）的總體規劃，頒發或吊銷民用機場使用許可證和軍民合用機場對民用航空器開放使用的批準書。
　　（五）審批頒發或吊銷民航企業的經營許可證，對全國民航企業實施行業管理，對其安全、服務質量、航班正常等情況和業務活動進行檢查監督；按規定調查處理飛行事故。
　　（六）制定民航行業安全保衛的規章制度，會同公安部管理民航治安保衛工作，防范和處理非法干擾民航安全的重大事件。
　　（七）協同有關部門進行空域規劃，負責對民用航路的建設和管理；實施對民航的航行管制；頒發或吊銷航行管制人員執照；管理民航通信、導航的氣象工作。
　　（八）負責民用航空器適航管理，組織有關部門頒發或吊銷民用航空器型號合格證、生產許可證、適航證、國籍登記證和維修許可證、維修人員執照。負責民用航空飛行技術管理，制定并監督執行飛行標準，頒發或吊銷飛行人員執照。
　　（九）領導民航地區管理局、省（自治區、直轄市）管理局；按規定范圍管理干部；負責直屬單位的勞動工資管理工作。
　　（十）制定民航行業教育和科技發展規劃，管理直屬大、中專院校和科研機構，進行科技成果的鑒定、獎勵和推廣；管理民航標準化和計量工作。
　　（十一）代表國家對外進行航空談判和簽約，參加國際民航組織活動，參與涉及民航事務的國際組織和多邊活動，監督外國民用航空企業在我國境內的有關業務活動，維護國家航空權益；管理涉港澳臺地區的民航事務；管理民航系統對外經濟技術合作與交流。
　　（十二）負責民航直屬單位思想政治工作，加強精神文明建設；負責全行業職業道德教育。
　　（十三）承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，民航總局設１３個職能司局和政治部、機關黨委。
　　（一）辦公廳
　　協助總局領導綜合協調、督促檢查機關政務工作，負責機關的文秘、機要、保密、檔案和機關財務、房地產、基本建設等行業管理工作，組織調查研究民航行業發展的方針政策和重大問題，承擔領導交辦的文件起草工作和總局新聞發布工作。
　　（二）航空安全辦公室
　　制訂民航安全政策、法規、制度，綜合管理監督全行業的空中、地面安全工作，制訂飛行事故和事故征候標準，進行飛行事故調查，組織、指導飛行安全研究工作，組織、指導、協調民航安全工作，承擔民航總局安全委員會辦事機構的日常工作。
　　（三）體改法規司
　　制訂民航行業體制改革規劃和總體改革方案并組織實施，指導協調直屬單位的體制改革工作，擬定民航法律、法規、規章草案，組織開展法制宣傳教育，實行行業執法監督，處理行政復議和行政訴訟案件。
　　（四）計劃司
　　擬定民航行業發展戰略，編制行業發展規劃和計劃，擬定民用航空運輸航線網絡、機場配置和機隊規劃，編制固定資產投資計劃，辦理基本建設、技術改造和利用外資項目立項、可行性研究報告的審核審批工作，負責購買和租賃民用飛機及進口機電設備的審核工作，承擔行業綜合統計和信息工作，管理行業交通戰備工作。
　　（五）財務司
　　制訂民航行業財務會計工作制度并監督實施，審查匯編直屬企事業單位年度財務預、決算，參與制訂行業經濟調節辦法，參與制訂航空運價和各項收費標準并監督實施，綜合管理基礎設施建設基金和各項專項基金，監督、管理民航國有資產，會同有關部門制訂航空保險規定。
　　（六）人事勞動司
　　指導推動民航行業的人事、勞動工資和社會保險制度改革，負責直屬單位人事、勞動工資、機構編制管理工作，按照干部管理權限管理直屬單位領導干部，組織實施國家公務員制度，指導直屬單位科技干部管理工作，組織制訂行業勞動管理標準，管理直屬單位的社會保險工作。
　　（七）科技教育司
　　編制民航行業科技、教育發展規劃和年度計劃并組織實施，組織行業重大科研項目的攻關、成果鑒定和推廣應用，推進行業計算機應用工作，管理民航標準化和計量工作，指導直屬科研機構、院校和培訓中心的工作，指導行業職工教育工作。
　　（八）國際合作司
　　擬定發展國際和地區民航關系的方針政策，組織參加國際民航組織和其他有關國際組織的活動，辦理有關國際民航公約、條約及協議的具體事務，辦理民航企業與外國航空企業簽訂有關協議的審批工作并監督實施，指導駐國際民航組織理事會辦事處活動，辦理涉港澳臺地區的民航事務和援外、外援及智力引進工作，辦理民航人員出國審批工作，承擔總局對外新聞發布工作。
　　（九）運輸管理司
　　擬定國內、國際運輸航空、通用航空發展的方針政策、規章制度及服務質量標準，對運輸航空、通用航空作業進行管理并監督其服務質量，受理旅客、貨主、用戶投訴，審核國際、國內航線和國內外航空公司加班、包機的申請，協調航班計劃，組織協調重大、緊急運輸和通用航空作業任務，承辦民航企業的審批管理工作，頒分和吊銷其經營許可證，指導企業管理，監督維護航空市場秩序。
　　（十）飛行標準司
　　制訂飛行標準管理的規章制度，組織對飛行人員飛行技術的檢查，管理飛行人員執照，審查飛行技術文件，負責航空器運行管理工作，對飛行訓練單位進行許可審定，制定訓練程序和標準，檢查訓練質量，管理航空衛生工作，頒發航空人員體檢合格證。
　　（十一）航空器適航司
　　擬定民用航空器適航管理標準和規章制度并監督實施，負責審核頒發或吊銷民用航空器（含發動機、螺旋槳）型號合格證、生產許可證、適航證和國籍登記證的工作，負責民用航空器登記注冊工作，辦理民用航空器的出口適航證，負責審核頒發或吊銷民用航空器維修單位許可證和維修人員執照工作，負責民用航空器運行適航和安全狀態的監督，頒發適航指令并監督執行。
　　（十二）基本建設機場管理司
　　擬定民用機場建設工程和飛行區適用管理的規章制度、技術標準、規范并監督實施，審核基本建設項目初步設計、開工報告并組織工程監理和竣工驗收工作，審批民用機場總體規劃及總平面規劃，負責頒發或吊銷民用機場使用許可證工作，辦理民用機構的移交、接收或報廢的審核工作，指導管理機場應急救援工作，歸口管理機場凈空、環境保護和機場土地使用工作，制訂民航設備管理規定。
　　（十三）公安局（公安部十五局）
　　擬定民航安全保衛的規章制度，指導監督安全保衛、機場治安交通管理和消防工作，檢查監督防劫機、防破環預案的落實，指導和參與處理非法干擾民航安全的重大事件及重大災害事故，檢查指導專機警衛工作，負責空勤人員登機證、航空安全員執照等證件管理工作，負責總局機關的安全保衛工作。
　　（十四）政治部
　　（十五）機關黨委
　　負責總局機關和在京直屬單位的黨群工作。

　四、人員編制和領導職數
　　民航總局機關行政編制為４５０名。其中，局長１名，副局長４名，現已超配的１名副局長作為過渡，待退下來或調離后不再增補；司局級領導職數５５名（含總飛行師、總工程師和黨的工作機構的司局級領導職數）。
　　監察、審計等派駐機構和后勤、老干部服務機構及編制，按有關規定另行核定。保留黨的紀律檢查委員會，與監察機構合署辦公。
　　為加強空中交通管理工作，撤銷原民航局航行司和航務管理中心，組建事業單位性質的中國民用航空總局空中交通管理局，直屬民航總局并授予其一定的行政管理職能，主要是協同有關部門進行空域規劃，負責空中交通管理工作。其機構編制按規定另行報批。