任何訴訟程序都包含各種各樣的時效制度，行政訴訟也是如此，主要理由是行政訴訟是從民事訴訟發展而來的訴訟形式，很多行政爭議產生于民事爭議或與民事爭議有密切的關系，有時解決行政爭議就成為解決民事爭議的前提條件。再者，人民法院在行政訴訟中有時仍然要參照適用民事訴訟的程序及制度，采用民事訴訟規則進行，《最高人民法院關于執行〈中華人民共和國行政訴訟法若干問題的解釋〉第九十七條明確規定：人民法院審理行政案件除依照行政訴訟法和本解釋外，可以參照民事訴訟法的有關規定。

行政訴訟時效是當事人能夠向人民法院對具體行政行為提起行政訴訟的有效期限，超過了這一期限，則當事人喪失了向人民法院提起行政訴訟的權利。行政訴訟時效的規定，既是為了有效保護行政機關管理活動的效率，也是為了及時維護當事人的合法權益。如果對行政訴訟時效不作具體規定或者沒有訴訟時效的限制，其具體行政行為一直或較長時間處于可受追訴的不確定狀態，不僅在證據的取得上有一定困難，增加了案件處理的難度，而且不利于保障國家行政機關管理活動的開展，影響正常的行政管理程序。

行政訴訟時效的起算一般是從行政相對人知道具體行政行為之日起計算，所謂“知道”是指行政機關在作出具體行政行為時，以書面形式告知相對人行為內容(這里的內容應包括具體行政行為所依據的規范性文件)及訴權和起訴期限，而非道聽途說，也不僅僅是行政機關簡單的決定、批準、審批、處罰內容，這里的行政機關的內容應當包括所依據的規范性文件的內容，這樣行政相對人才能真正知道行政機關的行為是否合法，否則就不能視為相對人知道行政行為內容，如果依照法律規定具體行政行為可以以口頭形式告知，亦必須制作筆錄。行政相對人通過非上述途徑而得知具體行政行為內容的，不能視為“知道”。所以這種情況也就是最高人民法院關于行政訴訟的解釋：“不屬于起訴人自身的原因”，“被耽誤的時間不計算在起訴期間內。”可以把起訴期限延長至5年的規定，這是解釋保護行政相對人訴權保護的一個具體體現。

《最高人民法院關于執行〈中華人民共和國行政訴訟法〉若干問題的解釋》第四十一條“行政機關作出具體行政行為時，未告知公民、法人或者其他組織訴權或者起訴期限的，起訴期限從公民、法人或者其他組織知道或者應當知道訴權或者起訴期限之日起計算，但從知道或者應當知道具體行政行為內容之日起最長不得超過2年。”之規定顯然說明行政訴訟不適用訴訟時效理論，當然也不適用時效中斷理論，所以此規定不利于公民權利的維護，無法使公民信服此立法的公正性。

根據最高人民法院關于執行《中華人民共和國行政訴訟法》若干問題的解釋第四十一條、第四十二條、第四十三條之規定，行政訴訟時效應當分為以下兩種：

第一，一般訴訟時效。

行政機關作出具體行政行為時，未告知公民、法人或者其他組織訴權或者起訴期限的，起訴期限從公民、法人或者其他組織知道或者應當知道訴權或起訴期限之日起計算，但從知道或者應當知道具體行政行為內容之日起最長不得超過2年。復議決定未告知公民、法人或者其他組織訴權或者法定起訴期限的，適用前款規定。

第二，特殊訴訟時效。

公民、法人或者其他組織不知道行政機關作出的具體行政行為內容的，其起訴期限從知道或者應當知道該具體行政行為內容之日起計算。由于不屬于起訴人自身的原因超過起訴期限的，被耽誤的時間不計算在起訴期間內。因人身自由受到限制而不能提起訴訟的，被限制人身自由的時間不計算在起訴期間內。對涉及不動產的具體行政行為從作出之日起超過20年、其他具體行政行為從作出之日起超過5年提起訴訟的，人民法院不予受理。

那么如何計算行政訴訟時效?對行政爭議是否經過行政復議，法律規定了兩種不同的訴訟時效。根據行政訴訟法及相關司法解釋的規定，公民、法人或者其他組織直接向人民法院提起行政訴訟，應當在知道作出具體行政行為之日起3個月內提出，法律另有規定的除外。但是因不可抗力或者其他特殊情況耽誤法定期限的，在障礙消除后的10日內，可以申請延長期限，由人民法院決定。

申請人不服復議決定，可以在收到復議決定書之日起15日內向人民法院提起訴訟。這些規定是計算行政訴訟時效的一般規定。

關于不知道具體行政行為的作出最長起訴期限的規定。

行政訴訟法第39條規定的起訴期限是從知道作出具體行為之日起算。那么如果當事人不知道具體行為的內容的，只能從其實際知道或應當知道之日起算。從作出具體行為到實際知道該具體行為的存在或內容，應該有多長時間呢?我國的行訴法沒有作出具體規定。對此，“若干解釋”第42條，參照民法通則有關規定，作了相應的補充規定。即起訴期限從知道或應當知道該具體行為內容之日起算，涉及不動產的具體行為從作出之日起超過20年，其他具體行為從作出之日起超過5年的，人民法院不予受理。雖然這樣的規定，在最大限度內保護了當事人的訴權，但卻較難在實體上保護當事人合法權益。這是因為從行政法律關系與民事法律關系性質來看，兩者有很大差別。行政法律關系中的雙方當事人是管理與被管理者的關系，法律地位是不平等的，而民事法律關系中的雙方當事人的法律地位平等，是雙方共同意志的表現。在行政法律關系中，行政機關作出某種具體行為，是單方意志的表現。從行政管理行為的特性來看，它具有公定力、拘束力和強制力。因此，它應具有相對的穩定性。如果將最長訴訟期限確定為20年，其時間跨度較長，人民法院不僅對行政機關在當時作出該具體行為時的證據難以確認，同時由于人員調動、機構變更、法律規范變更及法律關系的變化等情況的改變，即使人民法院對該具體行為在程序上是否合法、實體上是否正確予以確認，但當事人的實體權利也難以實現。

綜上所述，對我國行政訴訟時效最長期限的規定，本著既有效保障行政管理秩序，又能及時維護當事人的合法權益的精神，積極推行行政救濟原則。即當事人在若干年后，才知道某種具體行為實際侵犯其合法權益的，可以依照相應的法律、法規，申請行政救濟，即請求行政機關對該具體行為是否正確、合法進行確認，以利于行政機關及時糾正其錯誤的行為。如果當事人對行政機關在一定期限內的確認行為，仍然不服，當事人可就此行為向人民法院申請司法救濟最后通過人民法院司法審查行為，來維護其合法權益。