原因：這種情況一般是因為發(fā)票管理不善或安全措施不力，造成發(fā)票丟失或被盜而造成。

處理：購票單位應于事發(fā)當日書面報告國稅機關(guān)，報告材料要寫明專用發(fā)票份數(shù)、字軌號碼、蓋章與否等情況，并通過國稅機關(guān)在《中國稅務(wù)報上》刊登“遺失申明”。使用防偽稅控系統(tǒng)開票的一般納稅人，還應持IC卡到國稅機關(guān)辦理電子發(fā)票退回手續(xù)。

處罰：此種情況可能會受到稅務(wù)機關(guān)的處罰。

預防：購票單位應完善發(fā)票管理制度，加強發(fā)票管理，同時采取必要的安全措施，保證發(fā)票安全;稅務(wù)機關(guān)在出現(xiàn)這種情況后，也會加強對購票單位發(fā)票管理的監(jiān)督。

2、發(fā)票開出后才丟失的處理

(1)發(fā)票開出未認證

①丟失發(fā)票聯(lián)的處理：使用專用發(fā)票抵扣聯(lián)到主管稅務(wù)機關(guān)(正常)認證，將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，并用專用發(fā)票抵扣聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤ｉ_票方和稅局無需特殊處理。

②丟失抵扣聯(lián)的處理：可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)到主管稅務(wù)機關(guān)認證，將專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤o需開票單位作任何處理，稅局在認證時以發(fā)票聯(lián)作為抵扣認證依據(jù)。

③丟失發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的處理：購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件到主管稅務(wù)機關(guān)進行認證，認證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機關(guān)審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。開票方需要復印發(fā)票復印件，并由開票方稅局開具《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》;再由收票方主管稅務(wù)機關(guān)審核同意后，才可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

④丟失記賬聯(lián)的處理：(此情況條文中未作明確，此處為個人作法)如果發(fā)票開出后尚未寄出，可(開票單位)將發(fā)票的發(fā)票聯(lián)復印，作為記賬憑證;若已寄出，則從金稅卡中重新打印一次，作為記賬憑證。無需稅局和收票單位作任何處理。

⑤丟失全聯(lián)次處理：(此情況條文中未作明確，此處為個人作法)結(jié)合③和④的處理方式合并進行處理。

(2)發(fā)票開出已認證

①丟失發(fā)票聯(lián)的處理：使用專用發(fā)票抵扣聯(lián)作記賬憑證，使用專用發(fā)票抵扣聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椋渌麩o需作單獨處理。

②丟失抵扣聯(lián)的處理：使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椋渌麩o需作單獨處理。

③丟失發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的處理：開票方需要復印發(fā)票復印件，并由開票方稅局開具《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》;再由收票方主管稅務(wù)機關(guān)審核同意后，才可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

④丟失記賬聯(lián)的處理：(此情況條文中未作明確，此處為個人作法)如果發(fā)票開出后尚未寄出，可(開票單位)將發(fā)票的發(fā)票聯(lián)復印，作為記賬憑證;若已寄出，則從金稅卡中重新打印一次，作為記賬憑證。無需稅局和收票單位作任何處理。

⑤丟失全聯(lián)次處理：(此情況條文中未作明確，此處為個人作法)結(jié)合③和④的處理方式合并進行處理。

處罰：無處罰。

預防：開票方和收票方-應完善發(fā)票管理和保管傳遞制度，保證發(fā)票在各個范圍內(nèi)不遺失;選擇適當?shù)陌l(fā)票傳遞方式，如專門送達或其他安全的郵遞方式進行傳送，并及時跟蹤，保證發(fā)票在傳遞過程中的安全。