原因：這種情況一般是因為發票管理不善或安全措施不力，造成發票丟失或被盜而造成。

處理：購票單位應于事發當日書面報告國稅機關，報告材料要寫明專用發票份數、字軌號碼、蓋章與否等情況，并通過國稅機關在《中國稅務報上》刊登“遺失申明”。使用防偽稅控系統開票的一般納稅人，還應持IC卡到國稅機關辦理電子發票退回手續。

處罰：此種情況可能會受到稅務機關的處罰。

預防：購票單位應完善發票管理制度，加強發票管理，同時采取必要的安全措施，保證發票安全;稅務機關在出現這種情況后，也會加強對購票單位發票管理的監督。

2、發票開出后才丟失的處理

(1)發票開出未認證

①丟失發票聯的處理：使用專用發票抵扣聯到主管稅務機關(正常)認證，將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，并用專用發票抵扣聯復印件留存備查。開票方和稅局無需特殊處理。

②丟失抵扣聯的處理：可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證，將專用發票發票聯作為記賬憑證，專用發票發票聯復印件留存備查。無需開票單位作任何處理，稅局在認證時以發票聯作為抵扣認證依據。

③丟失發票聯和抵扣聯的處理：購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。開票方需要復印發票復印件，并由開票方稅局開具《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》;再由收票方主管稅務機關審核同意后，才可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

④丟失記賬聯的處理：(此情況條文中未作明確，此處為個人作法)如果發票開出后尚未寄出，可(開票單位)將發票的發票聯復印，作為記賬憑證;若已寄出，則從金稅卡中重新打印一次，作為記賬憑證。無需稅局和收票單位作任何處理。

⑤丟失全聯次處理：(此情況條文中未作明確，此處為個人作法)結合③和④的處理方式合并進行處理。

(2)發票開出已認證

①丟失發票聯的處理：使用專用發票抵扣聯作記賬憑證，使用專用發票抵扣聯復印件留存備查，其他無需作單獨處理。

②丟失抵扣聯的處理：使用專用發票發票聯復印件留存備查，其他無需作單獨處理。

③丟失發票聯和抵扣聯的處理：開票方需要復印發票復印件，并由開票方稅局開具《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》;再由收票方主管稅務機關審核同意后，才可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

④丟失記賬聯的處理：(此情況條文中未作明確，此處為個人作法)如果發票開出后尚未寄出，可(開票單位)將發票的發票聯復印，作為記賬憑證;若已寄出，則從金稅卡中重新打印一次，作為記賬憑證。無需稅局和收票單位作任何處理。

⑤丟失全聯次處理：(此情況條文中未作明確，此處為個人作法)結合③和④的處理方式合并進行處理。

處罰：無處罰。

預防：開票方和收票方-應完善發票管理和保管傳遞制度，保證發票在各個范圍內不遺失;選擇適當的發票傳遞方式，如專門送達或其他安全的郵遞方式進行傳送，并及時跟蹤，保證發票在傳遞過程中的安全。