1.各級人民檢察院審查起訴的案件應與人民法院審判管轄相適應。

人民檢察院受理移送審查起訴案件，應當指定檢察員或者經檢察長批準代行檢察員職務的助理檢察員辦理，也可以由檢察長辦理。

2.審閱案卷材料。辦案人員接到案件后，應當及時地審查公安機關或刑事偵查部門移送的案件材料是否齊備，有無《起訴意見書》、證據材料和其他法律文書。例如，如果犯罪嫌疑人被拘留、逮捕和被搜查過，審查有無搜查證、拘留證和逮捕證。然后仔細閱讀起訴意見書，了解犯罪嫌疑人的犯罪事實、情節，犯罪性質和罪名以及要求起訴的理由，詳細審閱案卷中的證據材料，按照法定審查起訴的五項內容，逐項進行審查。發現疑問，可以向偵查人員詢問。審閱案卷要認真細致，并應制作閱卷筆錄。

3.訊問犯罪嫌疑人。訊問犯罪嫌疑人是人民檢察院審查起訴的必經程序。這是人民檢察院核實證據，正確認定案件事實，監督偵查活動是否合法所必需的。訊問犯罪嫌疑人還有助于直接了解犯罪嫌疑人的精神狀態和悔罪態度，為其提供辯護的機會，傾聽其辯解理由。因此，訊問犯罪嫌疑人意義重大，必須依法進行。根據刑事訴訟法的規定，訊問只能由檢察人員進行，訊問犯罪嫌疑人時，應當告知其有申請回避的權利。檢察人員在訊問時不得少于2人，并且首先應當訊問犯罪嫌疑人是否有犯罪行為，讓其陳述有罪的情節或無罪的辯解，然后根據犯罪嫌疑人的陳述情況和閱卷確定復核證據的重點，向犯罪嫌疑人提出問題讓其回答。除對質以外，訊問犯罪嫌疑人應當個別進行，并注意做好筆錄。

4.聽取被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意見。人民檢察院自收到移送審查起訴的案件材料之日起3日內，應當告知犯罪嫌疑人有權委托辯護人，并應當告知被害人及其法定代理人或者近親屬有權委托訴訟代理人。詢問被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人，并聽取他們的意見，這也是人民檢察院審查起訴的必經程序。刑事案件中的被害人是犯罪行為的受害者，對案件情況比較了解，因而聽取他的意見，既有助于查清案件事實，又有利于對被害人合法權益的保護。在司法實踐中，有許多被害人、犯罪嫌疑人缺乏法律知識或受其文化水平限制，不能準確地陳述和回答檢察人員的問題，需要委托他人代為訴訟。因此，刑事訴訟法規定人民檢察院審查案件，應當聽取被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意見，這樣更有助于檢察人員核實證據，查明案件事實。詢問被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人時，應當由兩個以上檢察人員進行，并須向他們出示人民檢察院的證明文件，詢問前還要告知他們應當如實提供證據和陳述，詢問時應個別進行，同時注意做好筆錄。

5.補充偵查。補充偵查，在提起公訴階段是指人民檢察院對公安機關偵查終結移送起訴的案件，或者對自行偵查終結的案件，在審查起訴中，發現有事實不清、證據不足或者遺漏了罪行或同案人，需要補充進行有關專門調查等工作的一項訴訟活動。補充偵查的目的在于查清有關事實和證據，以決定是否將犯罪嫌疑人交付人民法院審判。根據刑事訴訟法第140條第2款的規定，補充偵查有兩種形式：一種是由人民檢察院退回公安機關進行。這種形式一般適用于主要犯罪事實不清、證據不足，或者遺漏了重要犯罪事實及應追究刑事責任的同案犯的案件。人民檢察院對需要退回補充偵查的案件，應當制作《退回補充偵查決定書》，寫明退查的理由和需要補充查明的具體事項及要求。另一種是由人民檢察院自行偵查。這種方式一般適用于只有某些次要的犯罪事實、情節不清，證據不足，公安機關偵查活動中有違法情況，在認定事實和證據上與公安機關有較大分歧或者已經退查過但仍未查清的案件。自偵案件需要補充偵查的，人民檢察院審查起訴部門應將案件退回本院偵查部門。

人民檢察院在補充偵查中，對各種證據有疑問的都要進行重新收集或鑒定。比如人民檢察院對鑒定結論有疑問或依照當事人的請求，應當自行對犯罪嫌疑人或被害人進行醫學鑒定，必要時可以聘請醫學機構或專門鑒定機構有鑒定資格的人員參加。人民檢察院對物證、書證、視聽資料、勘驗、檢查筆錄存在疑問的，應當要求辦案人員提供物證、書證、視聽資料、勘驗、檢查筆錄獲取、制作的有關情況，必要時應當重新收集和制作，對物證、書證、視聽資料可以進行鑒定。對證人證言有疑問的，也應當重新進行詢問。

根據刑事訴訟法第140條第3款的規定，對于補充偵查的案件，應當在1個月以內補充偵查完畢。補充偵查以兩次為限。這一規定是為了防止拖延結案時間，避免對犯罪嫌疑人超期羈押、久押不決的情況，有利于保護犯罪嫌疑人的合法權益，督促偵查機關的偵查工作。

退回補充偵查的案件，如果在主要事實或證據上發生了重大變化，偵查機關就應當重新制作起訴意見書;如果只是在個別情節上補充了有關材料，可以書面意見的形式移送人民檢察院;如果認為應當撤銷案件的，應將決定通知人民檢察院。

6.作出決定。一般來說，人民檢察院的檢察人員審查起訴，應當首先全面閱卷，找出疑點、矛盾后，再有的放矢地訊問犯罪嫌疑人，聽取被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意見，以解決案卷中存在的問題。如果發現新情況，根據需要作進一步的調查和補充偵查。檢察人員對案件經過一系列審查活動，查清全部案件事實以后，應當擬寫《案件審查意見書》，根據審查的具體情況，提出起訴或者不起訴以及是否需要提起附帶民事訴訟的意見，報請審查起訴部門負責人審核，審查起訴部門負責人對案件進行審核后，應當提出審核意見，報請檢察長或者檢察委員會決定起訴或者不起訴。