第1條本規則依加工出口區設置管理條例(以下簡稱本條例)第五條規定訂之。

第2條本規則規定事項，由加工出口區管理處(以下簡稱管理處)，各加工出口區分處(以下簡稱分處)，及依本條例第九條規定設立之單位執行之。

第3條區內事業之設立、合并、增資、減資、撤資及變更投資計畫，應檢具申請書，向所在區管理處或分處提出申請。

前項申請書之格式及應送份數，由管理處定之。

第4條區內事業設立、合并、增資、減資及變更投資計畫申請案，除經授權管理處、分處徑行核定者外，分處應于一周內擬具初審意見送管理處，管理處于一個月內審查核定，并就核定內容及應行洽辦事項通知申請人。

第5條區內事業經核準設立后，應依有關規定向所在區管理處或分處申請辦理公司登記或商業登記。

前項登記，如有變更、解散或歇業時，應于事實發生之日起十五日內申請辦理變更、解散或歇業登記。

管理處或分處辦理公司登記或商業登記，應副知當地稅捐稽征機關，并于核定后公告其登記事項。

第6條經核準設立、合并、增資之區內事業，應按計畫于核定之日起二年內完成；如因實際困難未能按計畫開始或完成者，得于期限屆滿前向所在區管理處或分處申請展期。

第7條區內事業投資計畫之生產設備如有變更時，應于投資計畫完成取得開工許可前，向所在區管理處或分處提出修正前后之對照表申請核備。

第8條區內事業于投資計畫完成，并依第二十四條之規定取得開工許可后，因生產上需要，得先行購置增資擴展之生產設備。但應于該生產設備進區日起一年內提出增資計畫及申請審定投資額；逾期者，其所增加之資金，視為投資計畫外之投資。

第9條區內事業經核準以分支機構型態設于加工出口區內者，會計科目、帳簿、憑證及報告表應行獨立，銷售額應向所在地稽征機關申報。

第10條區內事業如擬遷往課稅區、轉投資課稅區或在課稅區設置分支機構，應依本條例及公司法或商業登記法之有關規定辦理。

第11條申請在加工出口區區內設立區內事業之投資人(以下簡稱投資人)，向所在區管理處或分處申請預訂公有土地或廠房者，應于提出投資申請以前，按下列標準繳存預約金及簽訂預約書：

一、土地預約金：按預訂土地面積六個月之租金標準計算之。

二、廠房預約金：預購者按預訂廠房面積售價百分之五計算，預租者按廠房面積一年之租金計算之。

前項投資人向所在區私有權人預定、租、購土地或廠房者，應于提出投資申請時，檢附土地或廠房使用證明書或其它相關證明文件。

前二項投資人之代表人，于法人未成立前，以該法人之代表于預約及提出投資計畫時，應在代表人名義下注明：「預定創設法人之名義(即預定公司)籌備處代表人」其資金來源并應為法人籌備處之名義項下。

區內事業因增資、合并或擴充投資計畫而需增租、購廠房或租地時，準用第一項或第二項之規定。

第12條核配廠房優先級如下：

一、依本條例第十二條第四項得優先核配者。

二、區內事業因事業需要擴充，經提出擴充計畫業經核準，并已依前條之規定繳納預約金者。