第一，個人獨資企業必須有固定的生產經營場所和企業的法定名稱。個體工商戶不得有店名，也可以無固定生產經營場所的浮動經營。也就是說，合法的企業名稱和固定的生產經營場所是設立個人獨資企業的要素，而不是個體工商戶的要素

第二，個體工商戶的投資者和經營者是同一人，他們必須是投資建立個人企業的自然人。個人獨資企業的投資者和經營者可以是不同的人。投資者可以委托或者聘請他人管理個人獨資企業的事務。也就是說，個人獨資企業的所有權和經營權可以分離，這就決定了個人獨資企業更符合現代企業制度的特點。但是，個體工商戶的所有權和經營權都集中在投資者身上，不能適應現代企業制度發展的要求，只能適用于小型經營主體，個人獨資企業可以設立分公司，也可以指定他人擔任分公司的負責人。這一規定表明，個人獨資企業不僅可以在登記機關管轄范圍內設立分支機構，還可以在其他地方設立分支機構，設立分支機構的個人獨資企業應當承擔責任。個體工商戶不得按規定設立分支機構。另一方面，雖然個體工商戶可以異地經營，但隨著近年來外來人員登記手續的簡化，對異地經營個體工商戶的監管逐漸弱化。由此可見，個人獨資企業的總體規模普遍大于個體工商戶

第四，個人獨資企業的法律地位不同于個體工商戶。在民事、行政和經濟法律體系中，個人獨資企業是以自己名義進行法律活動的其他組織或其他經濟組織的一種形式。個體工商戶是否可以作為其他組織或者其他經濟組織的一種形式，一直是我國民法學者爭論的焦點。在日常法律活動中，個體工商戶的法律行為能力往往受到限制。更多的時候，個體工商戶以公民個人的名義進行法律活動。事實上，國內不少法律專家都提出，個體工商戶不是法律意義上的企業。另外，個人獨資企業和個體工商戶參與市場經濟其他活動的能力是不同的。例如，個人獨資企業可以成為公司股東，以企業名義享有公司股東的權利和義務，而個體工商戶不能以企業名義成為公司股東，它只能作為個人投資者（自然人）成為公司股東。

第五，個人獨資企業和個體工商戶對財務制度和稅收政策的要求不同。其實，這也是投資者比較關心的問題。根據《中華人民共和國個人獨資企業法》，個人獨資企業必須建立財務會計制度。值得一提的是，個人獨資企業的財務制度是個人獨資企業的必要條件，任何部門的要求都不會改變。由于個體工商戶的情況比較復雜，對于是否建立會計制度存在諸多爭議，新《會計法》只作了原則性的規定。根據執法情況，個體工商戶可按稅務機關要求設置賬簿。稅務機關不提出要求的，不得進行會計核算。另外，在稅收政策方面，由于我國稅收法律制度是一個相對獨立的體系，與市場主體法律制度沒有統一的聯系。稅務機關對普通納稅人和小規模納稅人的認定標準，并不是基于企業不同的市場支配地位。一般來說，個體工商戶難以認定為一般納稅人，而符合條件的個人獨資企業可以認定為一般納稅人。如何將市場主體立法與稅收立法相結合，是今后完善社會主義市場經濟法律體系值得探討的問題