被告A材料公司與B公司都是具有外貿經營權的企業。A公司的地址在甲市，B公司地址在乙市，并在甲市設有辦事處。

A、B兩公司簽訂了聯合出口原木的協議。協議規定由A公司辦理出口手續，對外簽約及執行合同，辦理制單結匯。B公司負責組織貨源及裝船。而后A公司與C國D公司簽訂了原木買賣合同，之后，A公司向B公司出具了對外簽訂的買賣合同及信用證等有關出口單證。B公司根據合同及出口單證，以A公司的名義同原告E航運公司達成了海上貨物運輸協議，該協議沒有加蓋合同雙方單位印章，只有承運人代表及B公司業務員的簽字。運輸協議規定如發生爭議，由本國貿促會仲裁，適用本國法律。同年8月28日，原告輪船抵港受載，A公司知道此事并沒有提出異議，反依約向B公司出具了標明A公司的出口許可證、信用證、商檢證、報送單等出口單證。B公司業務員用A公司出具的單證，以A公司名義辦理了托運手續。同月29日，E公司輪船于該港裝貨。9月10日，該輪到達C國X港卸貨。因貨物質量問題，C國收貨人沒有及時向A公司匯付貨款。9月24日，原告通知A公司將運費匯至自己的帳戶，但A公司未付。原告又與B公司聯系未果。11月11日A公司致電C國D公司稱：3個月前運抵該國X港的原木，系其賣給S公司的貨物，除本公司外的其他方主張是該批木材的貨主的確認書，都是仿造的、無效的。對該批木材遇到的困難，只能由本公司與貴公司協商解決。

原告在催索運費未果的情況下，于第二年3月依約向中國海事仲裁委員會提起仲裁，并支付了仲裁費520美元，由于A公司否認E公司輪運費與它有關，拒絕仲裁。中國海事仲裁委員會以被訴人尚未確定為理由，不予受理。原告遂于同年5月26日向F市海事法院提起訴訟，要求法院判令兩被告支付運費若干，仲裁費520美元以及上述款項的銀行同期利息。兩被告在書面答辯中對F海事法院對該案的管轄沒有提出異議。

問：本案仲裁協議是否有效?法院對案件管轄是否合理?

答：根據我國法律仲裁協議具有效力必須包含以下內容：有明確的仲裁地點、明確的仲裁機構、指明仲裁爭議事項。本案運輸合同中的仲裁條款應該來說是有效的，符合有效仲裁條款的要求。但卻發生了原告提交仲裁后，由于被告否認自己為合同當事人而拒絕仲裁，仲裁庭不予受理的情況。筆者認為仲裁庭如此處理值得商榷。仲裁庭的行為當以仲裁條款和仲裁法為準。在原告向海事法院起訴，兩被告應訴的情況下，應視為雙方合意放棄仲裁條款，選擇訴訟作為解決爭議的方式，所以法院對案件的管轄是合理的。