(一)辦公廳

協助署領導研究擬訂海關工作的方針政策、發展規劃和綜合性改革方案并組織推動，研究起草總署年度工作計劃、總結和綜合性請示、報告、領導講話、會議文件等重要文稿，組織海關系統開展政策研究工作。協助署領導處理日常事務，建立和維護總署機關日常工作秩序和署內外聯系。協調劃分海關業務分工和總署各部門、各單位職責分工。

(二)政策法規司

研究提出海關立法規劃并組織實施。參與起草有關法律，負責起草或組織起草海關法規和綜合性規章，審核署內各部門起草的專業性規章、海關方面的國際條約文本及其他規范性文件，按規定發布海關法規、規章，負責海關法規、規章的執法解釋工作。歸口管理海關系統的普法教育。歸口管理海關系統行政審批、行政許可的制度建設和日常管理。負責建立和維護管理海關業務規范性文件數據庫。歸口管理海關標準化工作，制定、管理和維護海關業務信息系統標準化規范和參數數據庫。

(三)關稅征管司

參與研究進出口稅收政策及稅則稅率的調整;承擔關稅立法調研、起草工作和稅法執行過程中的一般性解釋工作。研究提出關稅、進口環節稅等稅費征收、減免、退補管理規章制度并組織監控實施。組織實施國家進出口關稅和進口環節稅減免的各項政策和規定。

(四)監管司

研究提出進出口貨物通關、監管規章制度并組織實施，管理通關數據庫。研究提出運輸工具及其服務人員、進出境集裝箱和進出境運輸企業通關監管規章制度并組織實施。研究提出過境、轉運、通運貨物和暫準進出口貨物、進出境展覽品等監管規章制度并組織實施。研究提出報關單格式、填制規范、審單作業和出證管理的規章制度并組織實施。研究提出海關監管場所及其經營人管理的規章制度并組織實施。

(五)加工貿易及保稅監管司

參與研究和提出加工貿易、保稅區、出口加工區等特殊監管區域的發展與管理的有關政策。承辦國務院交由海關總署牽頭辦理的有關保稅區、出口加工區等特殊監管區域的審核、呈批和設立后的驗收等綜合管理工作。研究提出加工貿易進出口貨物保稅監管的規章制度并組織實施。研究提出保稅倉庫、保稅工廠、出口監管倉庫等保稅監管場所的海關審批和進出口貨物保稅監管的規章制度并組織實施。研究提出海關對保稅區、出口加工區等特殊監管區域及其保稅貨物的監管規章制度并組織實施。

(六)綜合統計司

研究提出進出口貿易海關統計制度和海關業務統計制度并組織實施。編制進出口貿易統計，管理、發布進出口貿易統計數據，歸口管理對外貿易統計咨詢工作，編輯海關統計刊物。開展進出口貿易統計分析和預警監測，編制我國對外貿易指數，實施海關統計監督，開展執法評估。編制海關業務統計，開展海關業務統計分析。管理進出口經營單位編碼及其計算機數據庫。研究提出報關單數據管理規范、數據質量標準體系并組織實施，負責報關單結關數據的質量、日常業務管理;管理全國海關報關單及隨附單證的檔案工作;承辦所有報關單數據的使用安全管理工作。

(七)稽查司

研究提出對一般貿易貨物的稅后稽查、加工貿易貨物的后續稽查、減免稅貨物的后續稽查等海關稽查規章制度并組織實施。研究提出海關風險管理規章制度并組織實施。研究提出貿易調查、市場調查規章制度并組織實施。研究提出對報關單位、報關員管理及報關從業資格處罰的規章制度并組織實施。研究提出規范企業進出口行為和對企業實施分類管理的規章制度并組織實施。研究提出海關稽查、風險管理裝備的使用規章制度并組織實施。

(八)緝私局(全國打擊走私綜合治理辦公室)

研究提出海關打擊走私工作計劃并組織實施，負責全國海關反走私形勢分析工作。研究制定走私犯罪偵查工作的規章制度并組織實施，直接組織查辦重特大走私犯罪案件。管理和指導全國海關緝私部門的行政執法工作。研究提出查處走私、違規等行政違法案件的行政執法標準、措施和操作程序等具體適用法律的規章制度并組織實施和監督檢查;辦理對緝私部門具體行政行為的申訴案件(復議、訴訟、行政賠償的除外);承辦總署案件審理委員會的相關工作。受理總署緝私局管轄的刑事賠償案件、刑事申訴案件;管理、指導和辦理緝私部門治安處罰及其復議、應訴工作。

(九)科技發展司(口岸電子執法系統協調指導委員會辦公室，簡稱“電子口岸辦”)

研究提出海關科技發展規劃、規章制度并組織實施，承擔總署科技應用領導小組辦公室的工作。組織全國海關業務信息化系統開發、推廣應用和運行管理，歸口管理海關業務數據的對外聯網交換。研究提出海關信息化技術標準規范并組織實施。研究提出海關信息系統及網絡安全技術方案并組織實施。組織實施全國海關計算機、網絡、通信、防偽等技術和設備的選型、開發和維護。

(十)國際合作司

研究提出海關國際合作工作發展規劃和年度計劃并組織實施。研究擬訂海關外事工作規章制度并組織實施，承辦總署外事接待工作。組織協調與國際海關組織及有關國際機構的交流與合作，參與海關國際公約及法律文件的擬定，辦理加入或接受手續并協調實施;組織協調有關國際談判，辦理簽訂合作協議的有關手續并協調實施。組織協調與外國、港澳臺地區等海關的交流與合作、國際海關技術合作和海關互助合作協議的雙邊談判，辦理簽訂協議有關手續并協調實施。承辦區域性海關國際合作會議、談判及區域性海關國際合作框架內各國海關與我國海關的雙邊合作事務。

(十一)財務裝備司

研究擬訂海關(含緝私警察，下同)經費收支、稅費上繳、財務會計、基本建設、固定資產、車船裝備以及罰沒財物等的管理規章制度并組織實施。審核、編制、管理全國海關的預、決算，辦理各項經費的領撥和會計核算，負責海關系統國庫集中支付工作。組織管理全國海關基本建設，審批下達基建任務，負責海關住房制度改革工作。負責全國海關各項稅費資金以及罰沒收入的管理和會計核算工作。管理全國海關固定資產、房地產和車船等交通工具、制服、業務單證等裝備。負責罰沒財物的保管、變賣、處置等工作。負責組織海關系統財物裝備工作的監督檢查。管理全國海關技術改造項目進口設備減免稅立項審批和全國海關機電設備進口審批事項。

(十二)人事教育司

研究提出海關干部人事管理的規章制度并組織實施。研究提出海關工作人員職位分類、錄用、考核、獎懲、任免、交流、回避、辭職辭退、申訴控告和管理監督等各項規章制度并組織實施。負責署管干部的考察、考核、任免、調配、交流、干部檔案管理;后備干部的選拔培養;有關非署管干部的報批報備工作和直屬海關單位領導班子配備調整及總署機關、在京直屬海關單位以及駐外機構的人事管理工作。管理海關機構設置、人員編制和領導職數;負責海關系統職能配置。管理海關工作人員工資、福利待遇、社會保險和職稱評審工作。

(十三)離退休干部辦公室

貫徹黨中央、國務院有關離退休干部工作的方針、政策，并根據離退休干部統一管理、待遇分開的原則，研究擬定海關離退休干部工作實施辦法。組織總署機關離退休人員集體學習、過組織生活、閱讀文件、通報情況和參加有關的政治活動，會同離退休人員黨組織做好離退休人員的思想政治工作。負責總署機關離退休人員的醫療保健、離退休費、生活福利、健康休養和用車等日常服務管理工作。會同有關部門辦理總署機關去世離退休人員的喪葬和善后處理事宜。檢查指導各直屬海關單位離退休干部工作。處理離退休干部來信來訪和落實政策工作。

(十四)直屬機關黨委(思想政治工作辦公室)

研究提出海關系統思想政治建設的規劃并組織實施;培養、挖掘先進典型，組織相關表彰事項。研究提出海關系統準軍事化紀律部隊建設及精神文明建設、基層建設、文化建設等有關規章制度并組織實施。研究提出指導基層黨團組織建設的規章制度并組織實施。負責總署機關及在京直屬單位黨的建設和思想政治工作;負責各級黨員干部政治理論的學習、教育和培訓;協助總署黨組落實中心組學習制度，開好民主生活會;指導各支部按照黨章規定開展工作。負責總署機關及在京直屬單位黨風廉政建設和反腐敗工作，負責涉及總署機關及在京直屬單位處級和處級以下黨員、非黨員干部職工的信訪舉報和案件的檢查、審理工作。負責總署機關及在京直屬單位的工會、婦女工作;指導直屬機關團委組織開展青年的思想教育、知識學習、文體活動;負責總署機關的生活福利工作，組織開展機關文體活動。

(十五)政治部辦公室

研究制定海關系統政治工作的有關制度、規定，擬制海關年度政治工作計劃。指導直屬海關政治部的有關工作，提出加強各級海關政治工作部門自身建設的意見和建議。負責總署政治部綜合性文件起草督辦和內部協調工作。指導海關內刊《金鑰匙》。

(十六)督察內審司

研究制定海關內部執法監督工作制度。研究制定常規督察審計辦法、專項督察審計辦法并組織實施。研究制定海關系統內部審計工作制度。研究制定海關管理審計工作制度、財政財務收支、基建、采購以及海關所屬事業單位審計辦法并組織實施。對總署各內設部門依法履行職責、行使職權情況進行監督檢查，完善督察審計意見建議書制度，加大對總署各部門決策的參與和監督力度。對全國海關開展執法監督和內部審計工作進行業務指導和協調。對海關緝私警察開展行政執法監督活動進行業務指導，對重大行政執法問題依據授權組織開展檢查。研究制定海關關長任期經濟責任審計工作制度并組織實施。聯系協調審計署有關外審事宜。

(十七)中央紀委、監察部駐署紀檢組、監察局

監督檢查海關總署及海關系統貫徹執行黨的路線方針政策和決議，遵守和執行國家法律、法規，執行國務院決定、命令的情況。監督檢查海關總署黨組和行政領導班子及其成員維護黨的政治紀律，貫徹執行民主集中制，選拔任用領導干部，貫徹落實黨風廉政建設責任制和廉政勤政的情況。經中央紀委批準，初步核實海關總署黨組和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀的問題;參與調查海關總署黨組和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀的案件;調查海關總署司局級干部和海關系統署管干部違反黨紀政紀的案件及其他重要案件。協助海關總署黨組和行政領導班子組織協調總署及海關系統的黨風廉政建設和反腐敗工作。受理對海關總署各級黨組織、黨員和行政監察對象的檢舉、控告，受理海關總署的黨員和行政監察對象不服處分的申訴。承辦總署巡視工作辦公室有關工作。承辦中央紀委、監察部交辦和海關總署黨組委托的其他事項。