我國刑事訴訟法確立了“以事實為根據，以法律為準繩”的原則，要求在刑事訴訟中必須查明案件事實。但知易行難，非法行醫致死事實的查明絕非易事。醫學領域對大多數法官來說，是一個陌生的專業領域，對非法行醫致死事實的查明，法官往往依賴于專業的司法鑒定。但是，根據我國刑事訴訟法的規定，偵查機關、審判機關均可以獨立地啟動司法鑒定程序，犯罪嫌疑人、被害人僅有對鑒定結論的知情權和補充鑒定、重新鑒定的申請權，無權自己決定啟動鑒定程序。在這種情況下，控辯雙方鑒定權明顯失衡，容易導致鑒定的偏差。“在刑事司法中，受‘隧道視野’和‘證實偏差’影響的辦案人員，可能會在證據尚不充分的情況下就過于自信地確認某人為罪犯，進而將調查集中于該犯罪嫌疑人，竭盡全力搜集可以證明該犯罪嫌疑人有罪的證據，而無視甚至隱匿那些能證明該犯罪嫌疑人無罪的證據。”2012年新修訂的刑事訴訟法將“鑒定結論”修改為“鑒定意見”，鑒定人的法律地位由“科學的法官”向“準證人”轉變。但由于刑事訴訟法的限制，鑒定多由偵查機關啟動，鑒定人的鑒定意見會不自覺地傾向于偵查機關，容易導致鑒定偏差。我國司法鑒定改革將司法鑒定推向社會，雖增強了鑒定的客觀中立性，但鑒定機構和鑒定人的良莠不齊，也增加了查明案件事實的難度。醫療具有高風險性，從醫者對疾病的診斷、治療受醫學發展水平的限制，不少檢查、診斷和治療方法都有一定的風險性。非法行醫中就診人的死亡大多由非法行醫者的過失引發疾病或并發癥，介入因素眾多，因果關系十分復雜。吳家馼認為傷亡原因包括根本原因、直接原因、中介原因、輔助原因、傷亡誘因、聯合原因、協同原因和伴發情況八類情況，從而對死亡原因做出了定性概括。于曉軍等人更進一步，結合上述八類情況進一步劃分了參與度，從而實現了對傷亡原因的定性定量分析。筆者認為，依據法醫學理論對傷亡原因定性定量分析的司法鑒定意見只是查明案件事實的一種重要參考，不宜和法律上的因果關系及量刑直接掛鉤。

鑒定原則

司法鑒定合法性原則，是指司法鑒定活動必須嚴格遵守國家法律、法規的規定。它是評斷鑒定過程與結果是否合法和鑒定結論是否具備證據效力的前提。

這一原則在立法和鑒定過程中主要體現為：鑒定主體合法;鑒定材料合法;鑒定程序合法;鑒定步驟、方法、標準合法;鑒定結果合法五個方面。

1、司法鑒定機構必須是按法律、法規、部門規章規定，經過省級以上司法機關審批，取得司法鑒定實施權的法定鑒定機構，或按規定程序委托的特定鑒定機構。司法鑒定人必須是具備規定的條件，獲得司法鑒定人職業資格的執業許可證的自然人。

2、司法鑒定材料主要是指鑒定對象及其作為被比較的樣本(樣品)。鑒定對象必須是法律規定的案件中的專門性問題，法律未作規定的專門性問題不能作為司法鑒定對象。如我國現階段對司法心理測定(俗稱測謊)、氣味鑒別(警犬鑒定)等尚未作為法定鑒定對象，其鑒定結論不能作為證據。而且鑒定材料的來源(含提取、保存、運送、監督等)必須符合相關法律規定的要求。

3、鑒定程序合法性，包括司法鑒定的提請、決定與委托、受理、實施、補充鑒定、重新鑒定、專家共同鑒定等各個環節上必須符合訴訟法和其他相關法律法規和部門規章的規定。

4、鑒定的步驟、方法應當是經過法律確認的、有效的，鑒定標準要符合國家法定標準或部門(行業)標準。

5、鑒定結果的合法性，主要表現為司法鑒定文書的合法性。鑒定文書必須具備法律規定的文書格式和必備的各項內容，鑒定結論必須符合證據要求和法律規范。