按照現(xiàn)有的法律規(guī)定，村委會和村集體經(jīng)濟組織是兩個獨立組織。根據(jù)《村委會組織法》，村民委員會是村民自我管理、自我教育、自我服務(wù)的基層群眾性自治組織，實行民主選舉、民主決策、民主管理、民主監(jiān)督，是我國農(nóng)村實行的村民自治制度的主要組織載體。而根據(jù)《憲法》和《農(nóng)業(yè)法》等法律，村集體經(jīng)濟組織則是我國農(nóng)村集體經(jīng)濟制度的主要組織形式。我國農(nóng)村的基本經(jīng)濟制度是“農(nóng)村土地集體所有制”和“家庭承包、統(tǒng)分結(jié)合的雙層經(jīng)營機制”。農(nóng)村集體經(jīng)濟組織是農(nóng)村統(tǒng)分結(jié)合雙層經(jīng)營機制中“統(tǒng)”的功能的承擔(dān)者，大致可以分為鄉(xiāng)鎮(zhèn)、村和村民小組三級。按照丁關(guān)良提供的數(shù)據(jù)，1999年全國有農(nóng)村社區(qū)性的合作經(jīng)濟組織233.4萬個，其中鄉(xiāng)(鎮(zhèn))一級3.7萬個、村一級70.6萬個、組一級149.1萬個，分別占鄉(xiāng)(鎮(zhèn))總數(shù)的82.5%、村總數(shù)的96.2%、組總數(shù)的27.9%。因此，在村一級，既存在村委會，也存在村級集體經(jīng)濟組織，前者是農(nóng)村群眾的自治組織，后者是具有獨立進行經(jīng)濟活動自主權(quán)的經(jīng)濟組織，兩者之間并不存在行政上的上下級關(guān)系。

但是現(xiàn)有法律規(guī)定在兩者職責(zé)權(quán)限上存在交叉重疊的問題。依據(jù)《農(nóng)業(yè)法》，農(nóng)村集體經(jīng)濟組織的主要職能是做好集體資產(chǎn)的管理工作，使集體資產(chǎn)得到合理利用和有效保護，并確保集體資產(chǎn)的保值增值。農(nóng)村集體經(jīng)濟組織的集體資產(chǎn)包括：法律規(guī)定為集體所有的土地和森林、山嶺、草原、荒地、灘涂等;集體經(jīng)濟組織的財產(chǎn);集體所有的建筑物、水庫、農(nóng)田水利設(shè)施和教育、科學(xué)、文化、衛(wèi)生、體育等設(shè)施;集體所有的其他財產(chǎn)。對此，《村委會組織法》也予以肯定：“村民委員會應(yīng)當(dāng)尊重集體經(jīng)濟組織依法獨立進行經(jīng)濟活動的自主權(quán)，維護以家庭承包經(jīng)營為基礎(chǔ)、統(tǒng)分結(jié)合的雙層經(jīng)營機制，保障集體經(jīng)濟組織和村民、承包經(jīng)營戶、聯(lián)戶或者合伙的合法的財產(chǎn)權(quán)和其他合法的權(quán)利和利益。”這一規(guī)定應(yīng)當(dāng)說明確了村委會和農(nóng)村集體經(jīng)濟組織的關(guān)系。但是該法在同一條中又規(guī)定：“村民委員會依照法律規(guī)定，管理本村屬于村民集體所有的土地和其他財產(chǎn)，教育村民合理利用自然資源、保護和改善生態(tài)環(huán)境”，從而造成了村委會職權(quán)與農(nóng)村集體經(jīng)濟組織職權(quán)的交叉。據(jù)此，村委會在集體土地等資產(chǎn)的管理方面，可取代村集體經(jīng)濟組織。不僅如此，村委會和村集體經(jīng)濟組織職能交叉的規(guī)定在多部法律中都有體現(xiàn)。比如，《土地管理法》第十二條規(guī)定，國家所有依法由農(nóng)民集體使用的農(nóng)村土地，由使用該土地的農(nóng)村集體經(jīng)濟組織、村民委員會或者村民小組發(fā)包。又如，《民法通則》第七十四條規(guī)定：集體所有的土地依照法律屬于村農(nóng)民集體所有，由村農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社等農(nóng)業(yè)集體經(jīng)濟組織或者村民委員會經(jīng)營、管理。