（1） 立案

在工程合同糾紛立案階段，除民事訴訟法規定的立案條件外，還應特別注意案由和管轄。合同備案審查主要包括訴因和管轄權兩個方面。實踐中，大量的施工合同糾紛以其他類型合同的形式出現。例如，“合作建房”的名稱實際上是建筑合同糾紛；“房屋買賣”的名稱實際上是建筑合同糾紛；“建筑合同”的名稱實際上是合資房地產開發合同糾紛。因此，不僅要考察基本合同的形式，還要考察基本合同的內容。根據最高人民法院司法解釋，建設工程施工合同不再適用一般房地產案件那樣的專屬管轄規定，而是適用于總合同的區域管轄，即所在地法院的管轄被告有住所或者合同履行地。在建筑工程施工合同中，合同履行地是施工行為地，一般是施工合同項下建筑物所在地。以合同履行地為管轄地，符合方便人民法院審理和人民訴訟的“兩個方便原則”。但需要指出的是，作為合同的一般屬地管轄，當事人也可以在書面合同中約定選擇合同訂立地、原告所在地、標的物所在地人民法院管轄。首先，在審前準備過程中，除了交換證據和初步質證外，通常還需要司法鑒定。

一般情況下，有以下幾種情況：審核工程造價；審核工期延誤造成的損失；審核已付工程款、預付材料款等財務文件；審核有關爭議簽證、結算材料印章或簽字的真實性；審核工程造價和工期延誤造成的損失；確定工程質量，設計維修計劃，預算維修計劃費用。在工程承包案件的審理過程中，司法鑒定幾乎涵蓋了所有的鑒定內容。因此，在審前準備階段，要認真審查當事人是否在舉證期限內申請鑒定，是否允許，當事人是否不申請，是否需要證據解釋，并根據實際情況進行處理。其次，在審前準備中要注意被告人的反訴和抗辯。

在工程承包案件的審理過程中，被告提出反訴內容作為抗辯意見并要求直接扣除的情況時有發生。針對這種情況，法官應當準確判斷上述訴訟請求是抗辯還是反訴，并根據案情作出解釋。

在做出這種判斷時，必然要對合同的基本條款進行詳細的審查，而不是簡單的判斷。例如，在建設工程施工合同中，最常見的情況是承包人向發包人索賠工程欠款，發包人要求承包人承擔工程逾期竣工或質量問題的違約賠償責任。這種答復一般被認為是反訴。但部分施工合同條款規定，上述違約責任應在工程款結算中直接扣除，或原告同意根據雙方合同約定在本案中直接扣除。在這種情況下，法官也可以在本案中一并處理，而不需要被告提出反訴。在施工合同案件的審理中，除了法院對合同條款和履行情況的調查外，還需要對以下幾個方面進行具體審查：

1。審查建設項目的有關程序。建設工程施工不僅是發包人與承包人之間的合同關系，而且由于建設合同標的的特殊性，行政機關對建設工程負有相應的管理責任。

2。審查施工合同的履行過程。

工程建設合同履行期較長，從一兩個月到一兩年不等，甚至有些建設項目由于資金、技術等原因可能斷斷續續地完成多年。在施工過程中，承包人與發包人之間的接觸、糾紛、糾紛的解決可以說是頻繁發生的?；蛟S在出現這些問題的時候，雙方還沒有發展到需要在法庭上面對面的地步。通過談判，可以在當時解決問題，也可以因為雙方達成了諒解而忽略問題。

但是，一旦承包人和發包人之間發生訴訟，這些之前積累的小問題就可能被提出，成為對方違約的事實和原因。這就要求法官全面審查合同履行過程，從而正確判斷案件的案由，找到糾紛的導火索。通過對合同履行過程的全面審查，我們還可以全面了解案件的關鍵事實，如成本、付款、工期、質量等。司法鑒定結論一般需要當庭質證，充分聽取雙方質證意見。在建設工程施工合同糾紛中，有時涉及到工程價款審查、工程價款審查、審計等司法鑒定內容。這些鑒定內容，在性質上屬于當事人提供的證據材料，但在內容上，卻是認定案件基本事實特別是爭議事實的主要依據。一般來說，如果雙方對工程造價有爭議，最終判決結果很大程度上取決于工程價格評審結論。

承包人因發包人原因提出停工、窩工損失索賠的，無論是停工、窩工天數還是停工、窩工損失的具體金額，除合同另有約定外，一般以工期價格評審結論為準。正是因為司法鑒定結論對案件的最終結果起著重要作用，所以司法鑒定結論應當在庭審中正式質證，鑒定人應當對雙方的質證意見發表專業意見，以便法官（合議庭）對司法鑒定結論是否足以成為最終證據作出正確判斷