一、建設單位方面的原因

1、簽約主體不合法。法律規定建設工程合同的主體是被批準建設工程的法人主體，而實際履行中，發包方往往以無法人資格的“籌建處”、“指揮部”、“項目部”等臨時機構名義對外簽訂建設工程合同，致使工程的建設主體不明，造成建筑施工企業無法向真正的建設單位追索工程欠款。

2、搞邊勘察、邊設計、邊施工的“三邊”工程。施工圖紙修修改改，工程量變化很大，甚至超過合同額，建設方口頭承諾對工程增量不與書面確認，竣工后導致結算糾紛，這是造成拖欠工程款的一個重要原因。

3、投資不落實、資金不到位。要么超過自身資金承受能力上項目造成了工程款拖欠，要么要求承包方帶資承包工程和墊款施工，轉嫁投資缺口。

4、非法發包工程。發包方違反國家有關招標投標的法律、法規，不按規定進行招投標私下簽約發包工程，或者將工程發包給不具有相應資質條件的承包單位，手續違法，使實際施工的單位在工程竣工后也無法追索工程款，有苦難言。

5、肢解發包工程。發包方將一個工程表面上發包給一個承包單位，暗地里又把工程分割為若干部分，指令發包給幾個承包人，使整個工程建設在管理和技術上缺乏應有的統籌協調，造成施工現場秩序混亂、責任不清，導致結算糾紛，引發工程欠款。

6、利用項目公司逃避風險。我國現行法律缺乏對建設項目法人投資風險責任的約束，對項目的籌劃、資金籌措、建設實施、生產經營的責任等都沒有得到完全的落實，項目法人往往成了實際建設單位金蟬脫殼抵賴工程欠款的工具。

7、建設單位惡意拖欠，故意找借口，拖延工程結算。

二、建筑施工企業自身的原因

1、建筑市場供求關系嚴重失衡，建筑企業自我保護能力較弱。據國家統計局統計，截止2001年底全國建筑業從業人數3669萬人，比1991年增加67.6%。建筑市場供過于求，導致了過度競爭甚至是惡性競爭，致使建筑企業在承接工程初期時就處于非常不利的地位，甚至陷入合同“陷阱”，難以結算工程款。

2、建筑業企業內部管理不善，造成了工期拖延、質量隱患，因而引起了合同的糾紛，導致業主拖欠工程款。

3、建筑企業不敢采用法律手段維權，擔心打官司得罪業主，會造成一系列的連鎖反應，影響今后在建筑市場上承接工程業務，存在打官司的時間長、成本高，耗費大量人力、財力，即使勝訴在法院執行時也有很大難度等顧慮，導致工程欠款久拖不決。

3、非法轉包。非法轉包，一方面形成“層層轉包、層層扒皮”的現象，導致嚴重偷工減料，造成重大質量事故。另一方面使實際施工人直接追索工程款困難重重。

4、非法掛靠。是指掛靠人利用被掛靠單位的名義與建設單位簽訂建設工程承包合同，并向被掛靠單位繳納一定比例管理費的行為。掛靠的企業一般管理不規范，投機行為盛行，甚至套取工程款后，給被掛靠企業扔下一個爛攤子。而被掛靠企業根本沒有施工資料，無法與建設單位結算，導致工程款糾紛。

5、違法分包。施工過程中總承包單位將其承包的某一部分工程或某幾部分工程，發包給不具有營業執照和相應資質條件的其他承包人，分包單位將其承包的工程再分包給他人。違法分包極易導致工程質量糾紛，引發工程款結算糾紛。

6、工程量爭議產生糾紛。建筑工程的工程量之爭主要集中在合同生效后洽商變更增加的工程量上，發生爭議的原因往往是由于施工方未就上述工程量取得發包方的簽字確認，而僅憑自己單方的施工記錄要求進行結算，發包方不與認可，發生糾紛。

7、違約責任不清產生糾紛。在建設工程合同糾紛中，經常會出現承包方的逾期竣工，實際上有好多時候是由于發包方的原因導致，但缺少證據的收集，結算時違約責任扯皮，造成建設工程合同結算糾紛。