《勞動爭議調解仲裁法》第二十七條規定，“勞動爭議申請仲裁的時效期間為一年。仲裁時效期間從當事人知道或者應當知道其權利被侵害之日起計算。”“勞動關系存續期間因拖欠勞動報酬發生爭議的，勞動者申請仲裁不受本條第一款規定的仲裁時效期間的限制;但是，勞動關系終止的，應當自勞動關系終止之日起一年內提出。”

勞動部《工資支付暫行規定》第六條第三款，“用人單位必須書面記錄支付勞動者工資的數額、時間、領取者的姓名以及簽字，并保存兩年以上備查。”根據本規定能夠推理出，單位對兩年內工資發放情況負有舉證義務。

根據以上規定，是否存在拖欠加班費的事實，在兩年內的，舉證責任在于單位;超過兩年的，舉證責任在于勞動者。因此，如果勞動者主張兩年前的加班費，就應搜集證據對兩年前的考勤、工資支付等相關情況進行舉證，否則會承擔舉證不能的不利后果。但財政部發布的《國家檔案局令第79號——會計檔案管理辦法》中，第十四條：會計檔案的保管期限分為永久、定期兩類。定期保管期限一般分為10年和30年。其中就有企業銀行對賬單等需保管10年的規定。筆者認為，根據工資支付憑證保存期為兩年的規定，用人單位在這一保存期限內負有保存義務。用人單位履行了保存工資憑證義務，僅表明用人單位完全履行了保存期限內工資憑證所證明的已支付相應勞動報酬這一事實。而在此兩年期間之前或之后的工資支付義務(而不是保存義務)并不能當然免責。

2005年勞動和社會保障部《關于確立勞動關系有關事項的通知》(勞社部發〔2005〕12號)第二條規定“用人單位未與勞動者簽訂勞動合同，認定雙方存在勞動關系時可參照下列憑證：(一)工資支付憑證或記錄(職工工資發放花名冊)、繳納各項社會保險費的記錄;(三)勞動者填寫的用人單位招工招聘“登記表”“報名表”等招用記錄;(四)考勤記錄;其中，(一)、(三)、(四)項的有關憑證由用人單位負舉證責任”。這是我國勞動爭議相關法律法規第一次對勞動爭議案件舉證倒置的規定。2001年4月30日施行的《最高人民法院關于審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋》第十三條規定“因用人單位作出的開除、除名、辭退、解除勞動合同、減少勞動報酬、計算勞動者工作年限等決定而發生的勞動爭議，用人單位負舉證責任”。這是我國司法解釋關于勞動爭議案件中舉證責任倒置的一般規定。《證據規定》第六條規定“在勞動爭議糾紛案件中，因用人單位作出開除、除名、辭退、解除勞動合同、減少勞動報酬、計算勞動者工作年限等決定而發生勞動爭議的，由用人單位負舉證責任”。這是我國在民事訴訟中關于勞動爭議案件適用舉證責任倒置規則的規定。從上述規定中，可以看出，勞動爭議糾紛案件中，工資支付憑證、社保記錄、招工招聘登記表、報名表、考勤記錄、開除、除名、辭退、解除勞動合同、減少勞動報酬以及計算勞動者工作年限等都由用人單位舉證，即勞動爭議中關于上述內容的舉證責任都是適用特殊的舉證責任分配規則即舉證責任倒置。