高新技術(shù)企業(yè)認定程序有五個環(huán)節(jié)，包括自我評價、注冊登記、準備并提交材料、組織審查與認定、公示及頒發(fā)證書。申請企業(yè)要完成的是前三項，其中材料準備是最重要的一項工作。《工作指引》二(3)列舉了需要提交的材料種類，包括認定申請書，兩個鑒證報告(近三個會計年度研究開發(fā)費用鑒證報告、近三個會計年度的財務報表鑒證報告含資產(chǎn)負債表、利潤及利潤分配表、現(xiàn)金流量表)(實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限)，一個審計報告(近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入專項審計報告)，以及技術(shù)創(chuàng)新活動證明材料。

根據(jù)《工作指引》規(guī)定，企業(yè)申請高新技術(shù)企業(yè)的認定申請書由《企業(yè)基本信息表》、《企業(yè)研究開發(fā)項目表》、《上年度高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)情況表》、《近三年內(nèi)獲得自主知識產(chǎn)權(quán)匯總表》、《企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表》五種表格組成，在填表時要注意所有的財務數(shù)據(jù)都來自專項審計報告，要和鑒證報告、審計報告完全一致。其中《企業(yè)基本信息表》中“近三年內(nèi)獲得的自主知識產(chǎn)權(quán)數(shù)”一欄所填內(nèi)容，應與技術(shù)創(chuàng)新活動證明材料一一對應并完全吻合;“人力資源情況”欄要注意兩個比例要求，即大專以上學歷的科技人員要占(申請)當年職工總數(shù)30%以上，研發(fā)人員占職工人數(shù)10%以上;其他一些文字描述的內(nèi)容多以數(shù)據(jù)闡述，少用華麗詞句，注意言簡意賅。

在申請認定高新技術(shù)企業(yè)工作中，研究開發(fā)費用的歸集與核算是一項基礎(chǔ)而重要的工作，它不僅關(guān)系到申請認定能否通過，還涉及計算企業(yè)所得稅時技術(shù)開發(fā)費的加計扣除，對企業(yè)的利益有很大的影響。提醒企業(yè)注意以下幾個方面：

提示一：企業(yè)可考慮在“管理費用”明細賬下設(shè)“研發(fā)費用”明細賬，按各“研發(fā)項目”歸集核算“內(nèi)部研究開發(fā)投入”和“委托外部研究開發(fā)投入”。這樣發(fā)生的全部研發(fā)費用就在一本賬上反映，把在準備申請認定材料時要做的工作，當成日常事務給做了。既可以便于申請認定時注冊會計師的審計核對，也有利于計算應納稅所得額時技術(shù)開發(fā)費的加計扣除，主管稅務機關(guān)審核起來也方便。在填寫《企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表》時，只需抄錄注冊會計師的審計報告即可。

提示二：企業(yè)應當設(shè)有專門的科研人員名冊，一方面便于申請認定時對科研人員比例要求的核對;另一方面，便于在費用歸集時的相互對應。企業(yè)應當和科研人員訂有勞動合同，繳納社會保險，強調(diào)的是科技人員在企業(yè)工作時間每年不少于半年(183天)。在支付科研人員人工費時，可以考慮集中制表且與勞動合同相一致。

提示三：企業(yè)在研發(fā)工作開展后發(fā)生的設(shè)備折舊和無形資產(chǎn)攤銷可直接計算，企業(yè)可根據(jù)批準的研發(fā)項目立項報告，把“固定資產(chǎn)”和“無形資產(chǎn)”的管理部門調(diào)整為研發(fā)機構(gòu)，以便正確計算折舊和攤銷額。

提示四：設(shè)計(規(guī)劃)費用、裝備調(diào)試費要有合法證據(jù)，這些費用往往是發(fā)生在企業(yè)內(nèi)部中，沒有多少外來原始憑證，事后很難收集和核實，比如調(diào)試設(shè)備的次數(shù)和每次消耗電費、相關(guān)技術(shù)工人的人工。所以，企業(yè)應按內(nèi)部核算的要求，做好原始記錄和憑證，及時履行審批程序，逐月結(jié)算入賬。

提示五：委托外部研究開發(fā)費用要注意項目成果及與企業(yè)主要業(yè)務緊密相關(guān)是衡量外部研發(fā)費用能否計入的重要因素。在簽訂委托合同時，應當特別注明。另外，發(fā)生的全部委托外部研發(fā)費用在申請認定時只能按80%計算，但在計算加計扣除時則沒有這樣的限制。

雖然《認定辦法》明確高新技術(shù)企業(yè)的認定不經(jīng)過主管稅務機關(guān)，但企業(yè)仍應當注意與主管稅務機關(guān)做好溝通，及時了解和掌握當?shù)赜嘘P(guān)認定工作的具體規(guī)定。企業(yè)在取得高新技術(shù)企業(yè)資格后應把證書及時告知主管稅務機關(guān)，而不要到申報企業(yè)所得稅時才拿出來。如果減免稅條件發(fā)生變化，應在15日內(nèi)報告;如果不符合條件，就主動納稅，以免被追繳，承擔滯納金并留下不良記錄。