1、小產權房的原始所有人(即“大產證所有人”)違法是可以被法院查封的。

2、小產權房的其他居住人違法是無法被法院查封的，理由如下：

(1)小產權房是法律所禁止出售的房屋;

(2)小產權房無法辦理產證;

(3)居住人雖然花錢購買了房屋，但是無法辦理產證，因此也就無法確認其所有權，故而法院就難以查封的;

(4)但是，原始所有人是可以被查封的，因為其有為宜產證。

法院查封房屋的程序

1、什么情況下法院會查封房屋?

法院查封房產的情形：

(1)惡意轉移、變賣房產;

(2)訴前保全;

(3)執行案件中，暫無履行能力或無其他可供執行財產。

2、法院查封房產需要什么手續?

根據現行相關法律規定，通常是在提起財產保全或強制執行的程序時，人民法院將有可能對房產進行查封。手續如下：

(1)法院向國土房產部門發出《協助執行通知書》及附帶的法律文書;

(2)辦案人員向國土房產部門出示法院工作證，并分下列不同情形辦理查封手續：

A、被查封的標的物已核發房地產證的，應提交國土房產局檔案室出具的查冊表;

B、被查封的標的物是預售商品房的，應提交房地產交易所出具的該預售商品房的交易情況表或該樓盤的明細表;

C、被查封的標的物是土地的，應先到國土房產局檔案室查清該土地權屬情況，并提交查冊的書面結果。

(3)國土房產部門根據法院提交的資料，進行查封處理。

3、法院查封房產,但未告知登記機關,發生爭議時如何處理?

法院查封房產，但不告知登記機關的極為少見。即使不告知登記機關，如果被執行人不對被查封的房產進行處分，也不會有爭議產生。即便有爭議產生，如果登記機關沒有為被執行人辦理處分該房產的權屬登記，爭議也不會涉及登記機關。因而，這種爭議的產生應同時具備以下3個條件：一是法院未將法律文書送達登記機關;二是被執行人違法處分房產;三是登記機關為其辦理了權屬登記。

法院未將法律文書送達登記機關，登記機關就無從知道應當協助執行的事項。在這種情況下為當事人辦理權屬登記，不應對房產被查封一事承擔責任。但是對于被執行人來說，如果知道房屋被查封，而仍然對該房產進行處分，如轉讓或設定抵押，這種處分是無效的。

在這種情況下，對于承受房產的一方，一般也不能按最高人民法院法釋(2004)15號文中第十七條的規定處理：即承受房產的一方如果已經支付全部價款并實際占有，且對此沒有過錯，人民法院就不予查封。

因為第十七條規定雖然用了“被執行人將其所有的需要辦理過戶登記的財產出賣給第三人”的字句，但是其中的“被執行人”在是指在進行房屋買賣時還不是“被執行人”，而是將成為“被執行人”;其中的“出賣給第三人”則是在房屋被查封前，雙方已發生房屋買賣的民事行為。否則，該條后文就不會有“人民法院不得查封”的表述。