(一)知識產權出資范圍認識不全面的法律風險

根據法律規定，廣義范圍內的知識產權均可以作為出資的形式。因此，版權以有關權利、商標、專利、非專有技術、廠商名稱權、集成電路布圖設計、未披露信息等都是可以利用的出資方式。

另外，即使可出資的知識產權種類眾多，也面臨具體出資形式選擇的法律風險。因為知識產權種類不同，價值也可能不同，市場應用價值也可能存在區別，這些都是需要認真考慮的，必須選擇相對成熟的并有廣闊市場前景或商業價值的知識產權種類出資。

因此，對于高新技術企業來說，在創建初期以知識產權出資為主，但可出資的范圍是比較大的，未獲得專利保護的非專有技術同樣可以出資，不應僅僅局限在專利或商標方面。否則，將不能充分發揮知識產權的廣泛性和價值性，降低出資成功的機會。

(二)知識產權權利瑕疵的法律風險

對于技術出資方而言，應避免其存在任何知識產權合法性、完整性的法律風險。如果職務技術成果、軟件職務作品等存在權屬爭議，將從根本上影響出資的成立。

因此，可考慮在投資協議或合同中寫明：“投資方保證，所投入的高新技術投資前是其獨家擁有的技術成果，與之相關的各項財產權利是完全的、充分的并且沒有任何瑕疵”，并約定相應的締約過失責任。

(三)知識產權出資價值評估中的法律風險

知識產權的評估價值關系到其市場應用及盈利價值，同時也關系到股權比例或控制權強度，所以依據客觀、真實、全面的評估資料，選擇科學合理的評估方法和專業評估機構是高新企業在技術出資過程中必須考慮的問題。

在評估過程中，忽視以下因素往往導致評估結果失誤。

1、審核高新技術前期開發費用不實。

2、同類產品或技術的市場風險預測不準確，市場潛力和價值分析出現偏差。

3、后續開發費用投入預測失當。

如果評估失實或不當，技術出資方將在知識產權價值保護上承受重大不利。

(四)知識產權出資比例的法律風險

根據法律規定，知識產權出資的最高比例可達百分之七十，這說明法律鼓勵以知識產權出資，但過高或過低的出資比例同樣存在著法律風險。因此，必須根據實際情況選擇合適的出資比例。

(五)知識產權有效期限制的法律風險

以工業產權中的專利權和商標權出資都必須在其有效期內，如果超過期限，就屬于出資瑕疵了，而以非專利技術出資就無期限限制了，這也是需要引起重視的地方。

(六)出資后知識產權轉移的法律風險

出資各方即使知識產權權屬不存在爭議，也同樣面臨者對技術擁有方轉讓知識產權的制約問題，因為這關系到資金出資方的風險利益，不當的流轉或者交易，將可能不利于知識產權價值的維護和利用。

控股一家企業對控股方來講，不僅具有可以并表核算的會計意義更具有能掌握經營管理主動權的控制意義。真正控股一家企業，除了控股方投資比例占絕對優勢外，還必須由控股方擔任董事長，另外還有委派總經理、財務總監的提名權。這樣，就能更有效地貫徹實行企業董事會的決議和管理理念。對于投資控股一家高新技術企業，更深一層的意義還在于控股股東能真正掌握所投資的那項高新技術，防止高新技術被移花接木，偷梁換柱，給投資方造成巨大的投資損失。

因此，在合作協議中，當事人如忽略或輕視技術成果的權屬問題，或者約定含混、不明，容易導致爭議發生，尤其是對技術開發方而言，造成知識產權保護的重大障礙。這種隱患將可能導致技術成果的組成部分被不正當的利用、泄露，或完整性缺失。