《財政部、國家稅務總局關于運輸費用和廢舊物資準予抵扣進項稅額問題的通知》(財稅字[1994]012號)規定：對增值稅一般納稅人外購貨物(固定資產除外)所支付的運輸費用，根據運費結算單據(普通發票)所列運費金額依10%的扣除率計算進項稅額準予扣除，但隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得計算扣除進項稅額。

《財政部、國家稅務總局關于增值稅幾個稅收政策問題的通知》(財稅字[1994]60號)規定：增值稅一般納稅人1994年5月1日以后銷售應稅貨物而支付的運輸費用，除《增值稅暫行條例實施細則》第12條所規定的不并入銷售額的代墊運費以外，可按《財政部、國家稅務總局關于運輸費用和廢舊物資準予抵扣進項稅額問題的通知》中有關規定，依10%的扣除率計算進項稅額予以抵扣。納稅人購買或銷售免稅貨物所發生的運輸費用，不得計算進項稅額抵扣。

《財政部、國家稅務總局關于調整增值稅運輸費用扣除率的通知》(財稅字[1998]114號)規定：經國務院批準，從1998年7月1日起，將增值稅一般納稅人購進或銷售應稅貨物支付的運輸費用的扣除率由10%降低為7%.凡1998年7月1日以后申報抵扣的運輸費用進項稅額，不論運輸發票何時開具，其所注明的運輸費用是否已經支付，均按7%的扣除率計算進項稅額。

上述三個文件明確了一般納稅人所發生的運費，應為外購貨物(固定資產和免稅貨物除外)和銷售應稅貨物所發生的運費，才可用于增值稅進項稅抵扣。

二、取得規定的運費單證并且按規定的范圍才可用于增值稅進項稅抵扣

(一)總體要求

《國家稅務總局關于印發〈增值稅問題解答(之一)〉的通知》(國稅函發[1995]288號)第1條規定：1.增值稅一般納稅人外購貨物(固定資產除外)所支付的運輸費用，準予抵扣的運費結算單據(普通發票)，是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票，以及從事貨物運輸的非國有運輸單位開具的套印全國統一發票監制章的貨票。2.準予抵扣的貨物運費金額是指在運輸單位開具的貨票上注明的運費、建設基金，不包括隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費。第2條：增值稅一般納稅人采取郵寄方式銷售、購買貨物所支付的郵寄費，不允許計算進項稅額抵扣。

《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理若干問題的通知》(國稅發[1995]192號)規定：1.準予計算進項稅額扣除的貨運發票種類。根據規定，增值稅一般納稅人外購和銷售貨物(固定資產除外)所支付的運輸費用，準予抵扣的運費結算單據(普通發票)，是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票，以及從事貨物運輸的非國有運輸單位開具的套印全國統一發票監制章的貨票。準予計算進項稅額扣除的貨運發票種類，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運定額發票。2.準予計算進項稅額扣除的貨運發票，其發貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數量、運輸單位、運費金額等項目的填寫必須齊全，與購貨發票上所列的有關項目必須相符，否則不予抵扣。3.納稅人購進、銷售貨物所支付的運輸費用明顯偏高、經過審查不合理的，不予抵扣運輸費用。

(二)管道運輸

《國家稅務總局關于增值稅若干征管問題的通知》(國稅發[1996]155號)規定：增值稅一般納稅人外購和銷售貨物(固定資產除外)所支付的管道運輸費用，可以根據套印有全國統一發票監制章的運輸費用結算單據(普通發票)所列運費金額，按10%計算進項稅額抵扣。(注：從1998年7月1日起，扣除率由10%降低為7%.)(三)鐵路運輸。

《國家稅務總局關于鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的通知》(國稅發[2000]14號)規定：增值稅一般納稅人購進或銷售貨物(固定資產除外)所支付的鐵路運輸費用，準予抵扣的范圍限于鐵路運輸部門開具的貨票上注明的以下項目：運輸運營費用(即發到運費和運行運費);鐵路建設基金;臨管鐵路運費(包括：**煤運費、**煤運費、**煤運費、豐沙大煤運費、京九分流加價、太古嵐加價、京九運費、大沙運費、侯月運費、**運費、**運費、**運費、**運費、塔-韓運費、北侖運費)。

《國家稅務總局關于合九鐵路運費抵扣進項稅額問題的批復》(國稅函[2000]1037號)規定：合九鐵路運輸費用中的“鐵路貨物運費”和“代收國鐵運費”，其性質與《國家稅務總關于鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的通知》(國稅發[2000]14號)中列舉的準予抵扣的運費項目相同。因此，對合九鐵路的上述兩項鐵路運費，可列入增值稅的進項稅額予以抵扣。

《國家稅務總局關于鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的補充通知》(國稅函[2003]970號)規定：(一)除《國家稅務總局關于鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的通知》(國稅發[2000]14號)中規定的抵扣項目外，對鐵路運輸部門開具新增的北疆線、西康線、上鉛線、內六線、福前線、塔十線、廣深線、南疆線貨票運費，允許按7%的扣除率計算抵扣進項稅額。(二)中國鐵-路包裹快運公司(簡稱**快運)為客戶提供運輸勞務，屬于鐵路運輸企業。因此，對增值稅一般納稅人購進或銷售貨物取得的《中國鐵-路小件貨物快運運單》列明的鐵路快運包干費、超重費、到付運費和轉運費，可按7%的扣除率計算抵扣進項稅額。

(四)公路、內河運輸。對于公路、內河貨物運輸業的運輸發票抵扣管理，《國家稅務總局關于加強貨物運輸業稅收征收管理有關問題的通知》(國稅發明電[2003]55號)規定：1.增值稅一般納稅人取得稅務機關認定為自開票納稅人的聯運單位和物流單位開具的貨物運輸業發票準予計算抵扣進項稅額。2.準予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨票上注明的運費、建設基金和現行規定允許抵扣的其他貨物運輸費用，裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發票應當分別注明運費和雜費，對未分別注明，而合并注明為運雜費的不予抵扣。

《國家稅務總局關于使用公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》(國稅函[2004]557號)規定：從2004年7月1日起，統一使用公路、內河貨物運輸業統一發票(以下簡稱《貨運發票》)。凡在中華人民共和國境內提供公路、內河貨物運輸勞務的單位和個人，在結算運輸勞務費用，收取運費時，必須開具《貨運發票》。《貨運發票》按使用對象不同分為“公路、內河貨物運輸業統一發票(以下簡稱自開發票)”和“公路、內河貨物運輸業統一發票(代開)(以下簡稱代開發票)”兩種。自開發票由自開票納稅人領購和開具;代開發票由代開單位領購和開具;代開發票由稅務機關代開時，稅務機關為代開單位;代開票納稅人應當到稅務機關指定的代開單位辦理代開發票事宜。

《國家稅務總局關于印發新版《全國聯運行業貨運統一發票》式樣的通知》(國稅函[2004]1033號)規定：新版《聯運發票》的啟用時間。各地收到本通知后，即可啟用新版《聯運發票》，舊版《聯運發票》2004年10月30日起停止使用。

因此，一般納稅人所發生的公路、內河運費，應取得上述《貨運發票》和《聯運發票》，才可用于增值稅進項抵扣。

三、申請運費抵扣的時限和程序

對于公路、內河貨物運輸業的運輸發票申請抵扣時限，《國家稅務總局關于貨物運輸業若干稅收問題的通知》(國稅發[2004]88號)規定：增值稅一般納稅人取得的貨物運輸業發票，可以在自發票開具日90天后的第一個納稅申報期結束以前申報抵扣。

增值稅一般納稅人在2004年3月1日以后取得的貨物運輸業發票，必須按照《增值稅運費發票抵扣清單》的要求填寫全部內容，對填寫內容不全的不得予以抵扣進項稅額。

《國家稅務總局關于加強貨物運輸業稅收征收管理的通知》(國稅發[2003]121號)中附件2《運輸發票增值稅抵扣管理試行辦法》第4條規定：納稅人取得所有需計算抵扣增值。