一、單位克扣工資經濟補償金員工可以申請嗎？

可以的。

《勞動法》第九十一條：“用人單位有下列侵害勞動者合法權益情形之一的，由勞動行政部門責令其支付勞動者的工資報酬、經濟補償，并可以責令其支付賠償金：

(1)克扣或者無故拖欠勞動者工資的;

(2)拒不支付勞動者延長工作時間工資報酬的;

(3)低于當地最低工資標準支付勞動者工資的;

(4)解除勞動合同后，未依照本法規定給予勞動者經濟補償的?！?/p>

可以看出，用人單位克扣職工工資，要支付拖欠工資、補償金(25%拖欠工資額)，必要時還要支付賠償金(但要以造成實際損害為前提)。

二、經濟補償金的支付標準

按照《勞動法》和《違反和解除勞動合同的經濟補償辦法》的相關規定，經濟補償金的支付標準應根據違反或解除合同的不同情況，給予不同標準的補償。

《違反和解除勞動合同的經濟補償辦法》對不同的補償標準進行了更為明確的規定，它對用人單位向勞動者支付經濟補償金規定了四種標準補償：

(1)違反《勞動法》和合同約定，克扣拖欠工資，拒不支付延長工作時間工資報酬;支付低于當地工資標準的工資報酬的，用人單位應加發工資報酬和低于部分25%的經濟補償金。

(2)對因勞動者患病、非工負傷或不能勝任工作而解除勞動合同的，用人單位應按其在本單位工作年限，每滿一年發給相當于一個月工資的經濟補償金，同時還應發給不低于六個月工資的醫療補助費。對患重病和絕癥者，用人單位還應增加醫療補助費，患重病的增加部分不低于醫療補助費的50%，患絕癥的增加部分不低于醫療補助費的100%。

(3)對“經勞動合同當事人協商一致，由用人單位解除勞動合同的;勞動者不能勝任工作，經過培訓或調換工作崗位后仍不能勝任，由用人單位解除合同的，用人單位應按其在本單位工作年限，工作時間每滿一年，發給相當于一個月工資的經濟補償金。若勞動者工資高于社平三倍的，則最多付給12個月的經濟補償金”。

(4)對勞動合同訂立時所依據的客觀情況發生重大變化，致使原勞動合同無法履行，經當事人協商不能就變更合同達成協議，用人單位解除合同的;用人單位瀕臨破產進行法定整頓期間或生產經營狀況發生嚴重困難，必須裁減人員的，用人單位應按勞動者在本單位工作年限支付經濟補償金，在本單位工作時間每滿一年，發給相當于一個月工資的經濟補償金。此種情況的經濟補償金支付沒有12個月的限制。

綜合上面所說的，單位克扣了工資這種行為完全是傷害到了勞動者的利潤，而且這種行為勞動者完全是可以利用法律的手段來要求給予相應的補償，不僅要讓用人單位把工資如實發放，還可能得到屬于自己的補償金額，這都是可以得到法律支持的。