1、制定合法有效的企業(yè)規(guī)章制度

通過民主程序制定的規(guī)章制度，不違反國家法律、行政法規(guī)及政策規(guī)定，并已向勞動者公示的，可以作為人民法院審理勞動爭議案件的依據(jù)。所以用人單位應(yīng)當制定合法有效的規(guī)章制度，建立健全加班審批管理制度，嚴格加班申請流程。確因工作需要進行加班的，應(yīng)由所在部門將加班申請交人力資源部審核后，報公司總經(jīng)理批準后才可以進行加班，規(guī)定員工非因特殊情況未經(jīng)批準不得擅自在公司加班。要求員工充分利用規(guī)定的工作時間完成工作量，提高工作效率，嚴格控制加班。并核準員工加班工資，實行加班與績效考核相掛鉤的薪酬制度，盡量避免不必要的加班情況的發(fā)生。為了更好的向勞動者公示，用人單位也可以將加班審批制度約定在勞動合同中。

總而言之，為了避免日后勞動者與單位就規(guī)章制度是否履行了民主程序發(fā)生爭議，用人單位要有證據(jù)意識，召開全體職工會議或者職工代表大會討論規(guī)章制度時，要有會議記錄，并讓參加會議的職工簽字;單位與工會或者職工代表協(xié)商確定規(guī)章制度時，要求工會或者代表出具相應(yīng)的證明。

2、正確計算勞動者加班工資

建議用人單位在勞動合同中具體載明勞動者的工資數(shù)額，這樣也避免了將來爭議不清的狀況。另外，企業(yè)在發(fā)放工資時，往往只是籠統(tǒng)地寫明當月總工資。如有加班工資未明確寫明，這樣，員工如果有證據(jù)證明加班，仍可以主張加班費。所以加班工資一定要在工資單中單獨列明，制定包含加班工資在內(nèi)的工資對帳結(jié)算單，要求員工領(lǐng)工資時簽確認單，表示對工資計算無異議，親筆簽字后才能領(lǐng)取當月各項工資。這樣做的好處是有效保存了相關(guān)證據(jù)，避免了以后員工隨便追索加班工資情況的發(fā)生。

3、注意保存加班記錄

在勞動爭議仲裁中加班工資這一項請求是勞動者主張比較多的。關(guān)于勞動爭議中的舉證責(zé)任問題，一般情況下適用《民事訴訟法》“誰主張，誰舉證”的基本原則。如果證據(jù)由用人單位掌握管理的，用人單位應(yīng)當提供相關(guān)證據(jù)，單位不提供的會可以認定對單位不利的事實。所以對于追討加班工資的案件，實踐中一般都是勞動者先對加班事實提供初步證據(jù)，然后由仲裁庭要求用人單位提供考勤來具體驗證勞動者是否加班、加班時間以及加班費。根據(jù)目前代理的勞動案件，北京市各個區(qū)縣支持的是勞動者離職前兩年的加班工資。原因在于《工資支付暫行規(guī)定》第六條：“用人單位必須書面記錄支付勞動者工資的數(shù)額、時間、領(lǐng)取者的姓名以及簽字，并保存兩年以上備查。”這也就是說用人單位只是對加班記錄有保存兩年的義務(wù)。因此對于此之前是否加班的證據(jù)不負舉證責(zé)任。

4、利用調(diào)休取代休息日加班費

《勞動法》第四十四條第二項規(guī)定，“休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低于工資的百分之二百的工資報酬”。因此，如果用人單位安排勞動者休息日加班的，有權(quán)優(yōu)先選擇安排勞動者補休代替支付加班費。